游城十代在前往决斗学园实技测验的途中，与传说中的决斗者——武藤游戏偶遇，并从武藤游戏手中获得一张幸运卡「羽翼栗子球」。不过因为是勉强赶上实技测验，笔试成绩又不佳，库洛诺斯老师本想亲自为游城十代关上入学大门，没想到这反而成为他不平凡生涯的开始。
七星篇
为了夺取被封印在决斗学院地底遗迹中，拥有毁灭世界力量的三幻魔「幻魔皇拉比艾尔」、「降雷皇哈蒙」、「神炎皇乌利亚」，出现名为「七星」（SEVEN STARS）的神秘团体。相应的，决斗学院方面的游城十代、天上院明日香、万丈目准、三泽大地、丸藤亮、库洛诺斯·德·梅迪奇老师和大德寺老师，被选为七星门钥匙的守护者，并与七星猎人进行争斗。发现大德寺也是七星之一，而大德寺老师真正的目的是为了培养十代，让十代拥有打败“那个人”的力量······
就在战胜七星不久，幕后黑手影丸理事长突然现身，发动七星门钥匙真正的功用，开启了唤醒三幻魔力量的仪式，十代挺身而出和影丸交手，在最后关头十代用了大德寺老师留下来的卡片「贤者之石」打败了三幻魔，并且最后和凯撒亮展开了毕业决斗，打成平手。
破灭之光篇
三幻魔事件结束后，前田隼人成为游戏设计者离开了学校，凯撒成为职业决斗者，与十代完美决斗后也离开战斗游戏学院。不过有迪拉诺剑山 等厉害的新生入学，还有爱德·菲尼克斯、斋王琢磨等极为厉害的角色故意装成新生进入决斗学院。
被爱德击败的游城十代和丸藤亮受到“光之波动”的影响。无法决斗的游城十代遇到了来自新空间的使者，找回了对决斗的热忱与兴致，并得到了新空间人卡组和王牌—新宇侠。另一方面，连败中的凯撒接触到地下决斗，在那重生为地狱凯撒。同时，万丈目准、天上院明日香、三泽大地等人也相继被“光之波动”所侵蚀，欧贝利斯克克·蓝宿舍变成了光之结社的据点。
到童实野町修学旅行的十代一行人，被迫接受斋王的妹妹美寿知的考验，并得知“光之波动”的真相。回到决斗学院的鲛岛校长宣布GX大赛开幕，这场原本要让学生和职业决斗者交流，进而提升学生决斗能力的活动，却意外成为牵扯到地球存亡的事件。
在最后的对决中，爱德首先应战，但是尽管爱徳召唤出了「命运英雄血魔-D」却还是功亏一篑败给了斋王，十代在之后立即向斋王挑战，成功打败了被“破灭之光”操控了的斋王，并且也拯救了世界。另一方面，恢复正常的万丈目在GX大赛中不断获胜，击败了前来挑战的早乙女礼成为冠军，礼也因此进入决斗学院的奥西里斯·红。
异次元篇
光之波动事件结束后，鲛岛校长为了提高学生的决斗水平，从决斗学院四所分院请来约翰·安德森、奥斯辛奥布赖恩、吉姆·克劳戴尔·库克、亚门加勒姆和眼镜蛇教授。
按照眼镜蛇老师的指导方针“公开决斗（Disclosure Duel）”，让学生戴着“Dis-belt”进行决斗，然而众人渐渐发觉事情不单纯，于是展开调查。虽然十代经过苦战召唤出熔岩新生侠打败了眼镜蛇教授，但未能及时阻止尤贝尔，决斗学院被传送到异世界，突然来到异世界顿时让众人乱了头绪，还得对抗「尤贝尔」利用学生制造出来的僵尸，最后在两个世界的通力合作之下，成功的回到原来的世界。但约翰为了救十代一行人，自己迷失在了异世界，身体被「尤贝尔」控制着。
为了救出迷失在异世界的约翰，十代等人再次前往异世界，在这里每场决斗都必须赌上性命。不断独自前进的游城十代，在同伴“死亡”和被五恶珠控制下的众人的无理指责下，被心中的黑暗彻底控制而变成了霸王军首领：「霸王十代」，并且在异世界成为了王者，后来因为吉姆和欧布莱恩的牺牲终于让他恢复正常，可是由于自己曾经利用融合杀过许多人而自责的他无法再使用。然而看到凯撒奋战的身影，让他获得前进的力量，克服心理障碍救回约翰，在最后和尤贝尔的决战中，十代想起了前世的事情，十代使用超融合使自己和尤贝尔融合在一起。并且为尤贝尔清除了体内的破灭之光，最后回到了学院。但这关系到12个次元的危机并未就此结束。
Darkness篇
因为三幻魔、光之波动和尤贝尔事件，造成时空扭曲让「Darkness（黑暗魔王）」来到这世界。而十代也因为尤贝尔事件变得忧郁而且孤僻，在发现了DARKNESS的时候为了不让伙伴受到牵连而主动避开他们，后来更打算用退学一了百了，但是在影丸理事长和斋王的劝说下选择了留下，在战胜了流星黑龙和五帝龙后和明日香参加了组队决斗，组队后明日香打算对十代告白，却换来了十代不可望其项背的背影。。。。。。再和库洛诺斯老师的决斗让十代引起往事，重新找回了决斗的热情，得知DARKNESS出现在童野市的时候立刻赶往，其中和斋王进行了第二次对决，得知了DARKNESS突袭决斗学院的消息，剑山、万丈目、明日香、翔等人先后被黑暗吞噬，并且世界的大多数人已被“黑暗魔王”吞噬了，吹雪和被DARKNESS控制的藤原优介大战，但是却输了，十代和约翰联手战胜了藤原，但是DARKNESS的本体却出现了，约翰因为和藤原优介的战斗而无力再战，游城十代成了最后的希望。最终用希望与信念唤醒迷失自我而被封闭的众人且打败了「Darkness（黑暗魔王）」。
毕业典礼结束后，众人还在毕业舞会狂欢时，游城十代已经收拾好行李，准备一个人默默离开，却在「羽翼栗子球」的引导下，与传说中的游戏王武藤游戏进行一场真正的「毕业决斗」......
导演：辻初树
首播：2004-10-06
季名：特别篇
集数：180
语言：日语
