学园都市这是一座占据东京西方大部分区域的巨大都市。由于230万居民之中有八成是学生，因此这里被称为“学园都市”，而且居住在这里的学生们，必须接受开发超能力的特殊教育。学园都市的某名高中生上条当麻，被判...
猎杀魔女之王-Innocentius-为了参加暑修，总之上条先把神秘修女藏在自己的房间。然而在他回家之後，却发现茵蒂克丝躺在血泊中。这是追捕她的魔术师下的手。红发，眼睛下方有条码，身穿漆黑的修道服。自...
必要之恶教会-Necessarius-茵蒂克丝发动“自动书记”，使上条勉强逃离险境。再度陷入昏迷的茵蒂克丝，需要以魔术来治疗伤势，然而经过开发而得到超能力的人要是使用魔术，似乎就会全身出血而死，因此上...
完全记忆能力追捕茵蒂克丝的魔术师，并不是只有史提尔而已。手持长刀的女性魔法师神裂火织，以高超的剑技压制住上条。神裂希望在杀掉上条之前就能将茵蒂克丝带回“保护”，虽然伤痕累累的上条依然拼命反抗，然而面对...
十二时-Limit-由于脑中存放着十万三千本魔道书的内容，因此茵蒂克丝能使用的脑容量只有平常人的十五%。因为拥有完全记忆能力，要是没有每年消除记忆就会死亡。得知这个事实的上条，收到了神裂的连络。时限是...
幻想杀手-ImagineBreaker-茵蒂克丝必须每年消除记忆的原因，并不是因为完全记忆能力压迫她的脑部，也不是因为她记住十万三千本魔道书的内容。依循著一丝格格不入的感觉，上条终于发现真相，并且以右...
三泽塾-科学崇拜-基于某些原因，上条带著茵蒂克丝及两名同班同学前往速食店。由于店里客满，他们只好与别人共桌，与他们共桌的则是一名自称“魔法师”的巫女。身上的钱不够搭电车的她，后来与身穿西装的补习班老师...
黄金炼成-ArsMagna-被囚禁于三泽塾的少女名为姬神秋沙，她正是上条在速食店遇见的少女。与史提尔入侵三泽塾之后，上条看见一具身穿铠甲的尸体——罗马正教十三骑士团的遗骸，然而学生们丝毫不以为意。史提...
吸血杀手-DeepBlood-姬神能吸引吸血鬼，奥雷欧斯需要吸血鬼的力量，这就是姬神与奥雷欧斯共同行动的理由。另一方面，茵蒂克丝追著上条来到三泽塾，却落入奥雷欧斯的手中。上条与史提尔好不容易找出奥雷欧...
姐姐-御坂美琴-由于被卷入茵蒂克丝的事件，上条没有去参加暑修，因此即使现在是八月下旬，他依然每天要过著补习的生活。在放学回家的途中，自动贩卖机吃钱的不幸再度降临到他的身上，此时就读常盤台中学的放电国中...
妹妹们-Sisters-上条带著捡到的黑猫，与御坂前往中古书店寻找养猫相关的书籍。买完书走出店门口一看，外头只剩下受到惊吓的黑猫，御坂则是不见踪影。觉得状况不对劲的上条，在小巷子里发现了倒在血泊之中，...
绝对能力-Level6-御坂表示自己是美琴的复制人，负责在“实验”里担任被杀的角色。为了确认这些“妹妹们”与这个“实验”的真相，上条前往美琴的住处，并且得知美琴被卷入的事件内容，因而连忙外出寻找美琴。...
一方通行-Accelerator-打算牺牲自己拯救“妹妹们”的美琴，毫不留情朝著挡路的上条使出雷击，然而上条完全没有使用右手的意思。美琴询问他为何要不惜这麼做，上条则是说出了一个令人意外的想法。如果要...
最强vs最弱上条在御坂九死一生的时候赶到，面对“一方通行”的强劲实力，上条被逼著只能防守。然而上条反射性挥出去的“右手”，却打中了“一方通行”的脸。由于拥有压倒性的强劲，因此“一方通行”至今从来没有经...
天使坠落-AngelFall-身为LV0却打倒一方通行，使得上条一下子变成名人，因此理事会命令他在事情平息之前暂时离开学园都市。明明没有身分证，却不知为何可以顺利离开学园都市的茵蒂克丝，就这麼和上条一...
父亲-上条刀夜-出现在上条面前的红衣修女名为米夏·克洛伊洁芙，所属单位是俄罗斯成教的“歼灭白书”。她之所以来到日本，是为了要寻找造成世界异象的大规模魔法“天使坠落”的源头。在同一时间，英国清教“必要之...
大天使-神之力-如果要阻止大规模魔法“天使坠落”，就必须打倒术者或是破坏仪式现场。由于米夏出现一些可疑的行动，上条与土御门推测她就是术者，连忙追着她前往上条家。先行一步抵达上条家的两人，在家里看见刀夜...
冒牌货-复制品-暑假的最后一天，上条面对空白的暑假作业陷入苦战。另一方面，御坂美琴则是过着一如往常的生活。在照例出门要到便利商店看免费漫画的时候，一名男性在学校宿舍的门口等待著她。这名男性名为海原光贵...
最后之作-LastOrder-自从“绝对能力进化计划”失败──“一方通行”败给上条之后，每天都遭受到不良少年的袭击。某天，一方通行在买完东西回家的途中，出现一名披著破布的少女。她是“妹妹们”之一，编号...
最终信号-VirusCode-“最后之作”是负责统管“御坂网路”的个体。一方通行前往“绝对能力进化计画”的研究员芳川桔梗面前，希望把“最后之作”还给研究所，然而芳川却说出“最后之作”目前面临的危机。由...
真相不明-CounterStop-上条的漫长暑假终于结束，新的学期就此开始，寄住在小萌老师家的姬神秋沙，以转学生的身分进入上条的班级。另一方面，负责看家的茵蒂克丝，察觉到上条没为她准备午餐的事实而来到...
石巨人-Golem-放学之后，上条、茵蒂克丝与风斩一起前往地下街。三人一起吃饭一起玩，茵蒂克丝与风斩还换上《魔法少女加奈美》的衣服拍照，可说是玩得相当开心，不过担任风纪委员的少女却叫住了他们，表示由于...
风斩冰华-朋友-地下街陷入混乱的局面。与上条分头行动的风斩，遇见了潜入学园都市的魔法师雪莉．克伦威尔召唤的石巨人。在千钧一发之际，从小萌老师口中得知风斩秘密的上条赶来了。虽然风斩认为自己不应该与茵蒂克...
虚数学区．五行机关没能打倒上条与风斩的雪莉，将目标改成了茵蒂克丝，上条与风斩则是各自展开保护茵蒂克丝的行动。在地下铁隧道与雪莉对峙的上条，从雪莉的口中得知她战斗的理由之后提出反驳，然而上条的论点却激怒...
