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NCIS小組在追捕「青蛙」的任務中，揭發了一個重大的秘密，這個任務因此走進死胡同，有個充滿爆炸性的結局。
達奇進行一名女士官的解剖，發現一個驚人的事實，謀殺案因此轉變為尋找失蹤嬰兒的任務。同一時間，東尼必須釐清自己對姬安的感情。
吉布斯與荷莉絲曼恩中校共同調查一起海軍艦長的謀殺案，這名艦長有接觸高機密資料的管道。這起案件中，吉布斯某一任前妻竟然是重要證人，他會讓私人感情阻礙辦案嗎？
達奇發現一名用於研究的屍首，竟然是謀殺案的受害者。NCIS小組進一步發現這個受害者真正的身分是一名犯罪天才，他的專長是抹滅過去。
NCIS小組受到緊急召喚，任務是阻止一名海軍軍官跳樓自殺，但是這名軍官卻當場遭人謀殺，NCIS小組必須找到殺害他的人。
NCIS小組來到執行勤務中的研究艦上，進行一件神秘謀殺的調查，卻偶然發現海上漂來的船上隱藏著一樁秘密，使得多人賠上性命。
吉布斯進行犯罪調查時發現，這個案子涉及他死去女兒的一名朋友，他的情緒因此受到干擾。這個調查後來有個驚人的發現。
一名海軍上將遭到謀殺，NCIS小組進行調查中，卻被一名女子打亂了辦案方向。她的身分是政治難民，回家尋找丈夫的下落。
NCIS小組暫時成為一名九歲男童的褓母，小男孩的父親是解開一件懸案的關鍵人，卻神秘失蹤。NCIS小組循線來到荒煙漫草中，發現了一個令人震驚的事實。
NCIS小組試圖緝捕一名有妄想症的海軍，他不僅殘暴，還以為自己身於伊拉克的戰場上。NCIS小組卻發現這個男人曾是秘密實驗的受害者，為了這個實驗，付出的代價卻難以估計。
一名年輕的回教徒海軍軍官，在自己教區內的清真寺旁遭到謀殺。達奇因為這名軍官的宗教信仰，拒絕進行解剖。NCIS小組只好派麥基進入清真寺，置入竊聽器，卻發現FBI早已置入他們的竊聽器。
為了緝捕一個偷走海軍高科技雷達的竊賊，NCIS小組隱藏在倉庫中進行監視工作。但是他們卻意外目睹一件謀殺案的發生。同一時間，達奇有件事沒有誠實告訴其他隊友。
一名狗主人神秘死亡，NCIS小組必須鑑定他是被自己的狗謀殺，還是謀殺者另有其人。艾碧決定要為狗狗的生命而戰，找出證明牠清白的證據。同一時間，吉布斯發現了雪帕處長的秘密
「青蛙」的屍體終於浮出水面。FBI調查NCIS小組內全部的探員，希望找出謀殺「青蛙」的人，而狄諾佐的嫌疑最大。
兩名NCIS成員來到伊拉克的巴格達，調查砲彈攻擊事件。然而這起調查，到頭來變成一樁謀殺案調查。
姬瓦進行臥底任務，跟蹤一名連環殺人犯。但是當他開始懷疑起姬瓦的身分，她的生命安全受到了極大的威脅。
法醫助手帕馬遭遇生命危險，自己變成不知名謀殺犯的目標，這是因為他是唯一可以認出凶手面目的證人。
一名前任NCIS探員突然死亡，NCIS小組在追緝凶手時，也被凶手追殺，陷入生命危險
NCIS繼續追緝殺死探員的凶手，他們必須在有限的時間內找出凶手，因為他的下一個目標是老大吉布斯。在案情尚未明朗前，這個任務需要每個組員同心協力，然而卻頂撞了副處長的權威。
