艾伦等104期兵被编入利威尔班。为了达成夺回玛利亚之墙的目标，韩吉开始进行能让巨人化的艾伦的身体自由硬质化的实验。但是却传来了尼克神父被暗杀的消息。收到了韩吉断定尼克之死与中央宪兵有关的报告后，利威尔又到了艾尔文的信。写在信中的内容是......
载着艾伦和希斯特利亚的马车被袭击，两人就这样被夺走了。阻挡在欲追的利威尔面前的神秘男子凯尼看来是过去和利威尔有关系的对象。两人之间赌上性命的战斗，不是巨人对人类，而是人类之间使用立体机动装置进行的死斗。知悉了这一切的104期兵们也被卷入了战斗中。
失去了幼年记忆的的希斯特利亚睁开眼睛，发现了一个名为罗德·雷斯的男子自称是她的父亲。罗德一边抱住希斯特利亚，一边说出了关于雷斯家的重大秘密。另一方面，韩吉也通过俘虏的中央宪兵了解了雷斯家的秘密。为了决定今后方针，韩吉告知了艾尔文关于雷斯家的情报。那时，艾尔文正在会见皮克西斯，表明了要推翻王政的决心。
调查兵团在中央宪兵的设计诬陷下背负了杀害平民的罪行。利威尔班因此遭到王政府的通缉，奉命搜捕调查兵的宪兵马尔洛和希琪踏入了利威尔班躲藏着的森林。发现了打水的阿尔敏，但二人随后便被埋伏的利威尔等人控制。对宪兵团的做法抱有疑问的马尔洛提出了协助调查兵团的请求。利威尔把处理两名宪兵的任务交给了让……
调查兵团的命运行将结束。在中央宪兵的逼迫下，艾尔文即将被处决。在王座之间，艾尔文接受了最后的审判。艾尔文坚持主张“失去调查兵团意味着失去人类的矛”，但却徒劳无功。眼看艾尔文就要被带到处刑台的时候，传来了超大型巨人和铠之巨人突破了罗塞之墙的消息。人类的命运，到底应该托付给谁呢......
不知过了多久，在礼拜堂的地下醒来的艾伦发现身体被锁链所拘束，眼前站着的是罗德和希斯特利亚。当二人的手触碰到后背时，艾伦的脑中浮现出了不祥的记忆。那是5年前的某个夜晚，雷斯家被袭击的真相：那个晚上杀死罗德全家人的，正是艾伦的父亲格里沙·耶格尔.....
罗德道出了雷斯家的真相。已在雷斯家传承了好几代的巨人的力量现在就在艾伦身上。希斯特利亚呼喊道，得到了这个力量，继承了世界的历史，从这个世界上驱逐巨人才是自己的使命。另一方面，得知真相的艾伦流着泪说自己犯下了无法补偿的罪，决定将人类的命运托付给希斯特利亚。了解到艾伦这样的想法的希斯特利亚，会如罗德所期待的那样巨人化吗？
希斯特利亚违背了罗德的意志，打算带着艾伦从礼堂逃出。舔舐了洒在地上的巨人脊髓液的罗德巨人化了。赶来的调查兵团的伙伴们将被巨人化形成的热浪击飞的希斯特利亚和被囚禁的艾伦救了出来。与此同时，罗德变成了比超大型巨人还要大上一倍的巨人。自己和伙伴们再次面临着危机，这一次，艾伦选择了相信自己......
虽然艾伦成功的保护了同伴，但与此同时，罗德巨人也来到了地面上。罗德巨人缓慢的前进着，因全身散发大量的热而导致沿途的树木都被烧毁。前方就是奥尔福德区，但艾尔文并没有下达避难指示，而是制定了迎击巨人的作战计划。为了防止灾害波及到墙内，调查兵团以奥尔福德区的居民为诱饵，展开了一场没有一人伤亡的艰难战斗......
罗德巨人被消灭了，亲自给予罗德巨人最后一击的希斯特利亚在居民和士兵们面前宣称自己是真正的王。此时，从礼拜堂坍塌现场逃出来的凯尼已失血严重，奄奄一息地躺在地上。在肯尼的脑海中，浮现出了自己壮烈的一生。蓦然醒悟之时，利威尔正站在面前。凯尼像是在为了活下去而做出最后挣扎，拿出了装有巨人脊髓液的注射器...
加冕两个月后，在牧场照顾孤儿们的希斯特利亚，被人们亲切地称为“放牛女神”。调查兵团进行了关于艾伦获得的硬质化能力的实验，成功开发了对巨人兵器。反复的实验给艾伦的身体带来了很大的消耗，但艾伦表示出了只要能够能消灭巨人，自己的身体被削掉也在所不惜。接着，某个人物浮现在了艾伦的脑海中.....
调查兵团的夙愿——玛利亚之墙最终夺回作战，决定在两天后正式开始。利威尔建议身负重伤的艾尔文不要随军出征，但艾尔文坚决拒绝。“我想要见证这个世界的真相大白的那一刻”，看到艾尔文坚定的意志，利威尔只得接受。当晚，士兵们在兵营里举行了盛大的宴会，养精蓄锐。艾伦等人回顾了过去的战斗，再次下定了决心.....
调查兵团趁着夜色向玛利亚之墙行进。在大家经过沉睡的巨人身旁时，艾伦十分紧张。“万一夺回作战失败了呢?”“我能拯救人类吗?”阿尔敏和不安着的艾伦交谈，两人回顾了至今为止的事情……
以兽之巨人为中心，大量巨人出现，调查兵团被团团包围。他们一边死守城墙脚下的马匹，一边全力迎战铠之巨人……
受到调查兵团开发的新兵器雷枪的全力攻击，铠之巨人似乎失去了行动能力。当调查兵团放松警惕时，铠之巨人却突然再次行动，发出了一阵咆哮……
周围一片火海，调查兵团的战场以希甘希纳区内门为界被一分为二，一方面，艾尔文和利威尔遭受着兽之巨人的碎石投掷攻击；另一方面，104期兵面对超大型巨人就已是束手无策，更加绝望的是，本该倒下的铠之巨人，也再度向104期兵袭来......
在穷途末路的情况下，调查兵团的新兵们在艾尔文的指挥下，抱着必死的觉悟向兽之巨人发起了突击。而另一方面，艾伦等人也制定了对付超大型巨人和铠之巨人的作战计划。
阿尔敏的作战成功了，艾伦来到了阿尔敏面前。正在艾伦悲伤之时，两道身影出现在城墙上……
战斗结束了。希甘希纳区的墙壁上，幸存下来的调查兵团士兵寥寥无几。然后，艾伦走向了自己家的地下室......
艾伦的父亲格里沙留下的日记中记载着他过去的记忆。彼时还是年幼少年的格里沙，在那一天突然面对了这个世界的真相……
在格里沙残留的记忆中，他被托付了一项任务.....
墙外世界的真相和巨人的真面目真相大白。得知这一消息的希斯特利亚和兵团干部们做出了一个决定。而艾伦则把思绪转向了墙外……
