D-3被黑暗污染之时
一乘寺贤躺在床上想以前的事，原来他以前有个哥哥叫一乘寺智，他非常聪明。有一次，神圣计划突然来到他家，哥哥就把它放在一边。小贤因为好奇而拿出来，进入了数码世界。回来后，哥哥很生气，勒令他以后不准拿。哥哥死后，小贤收到电子邮件，叫他不要为哥哥而自责，还叫他再次拿那个神圣计划。他来到了黑暗海边，黑暗的海水使神圣计划变成黑暗D-3暴龙机。想到这里，小贤醒来，并到了数码世界的初始城市，被幼年数码宝贝责骂，触动了自己善良的心。善良徽章发光，一个数码蛋也有响应。小贤走过去抱住那个蛋，虫虫兽的幼年期——绿叶兽诞生了。
