公元前259年，秦王稷发兵攻赵，开启了长达三年的邯郸之战。第三年战事愈烈，秦王稷之孙、安国君之子嬴异人已在赵为质八年，娶妻赵姬、生子嬴政。嬴异人与申越谈论秦赵战局及自身处境，嘱托申越保护赵姬母子。赵相平原君怀疑吕不韦与嬴异人预谋不轨，吕不韦觉察到危险，深夜至异人宅邸，与申越分别带公子异人、赵姬母子出逃。吕不韦欲出邯郸城时被阻，几经周折城门吏放其出城。李坚奉王命搜捕嬴异人及其家人。
吕不韦跟随早已重金结交的阳泉君去见华阳夫人，并极力游说立公子异人为嫡子，阳泉君也在一旁帮腔，华阳夫人却始终未给答复。公子傒得知吕不韦密见华阳夫人立即带人去抓，不料堵住的是阳泉君。异人藏身咸阳狱的消息被莫必查知并告知公子傒。阳泉君派人告诉吕不韦，华阳夫人决定见公子异人。与此同时，公子傒已带门客扑向咸阳狱，狱吏郑货无法阻止公子傒，趁机溜出向吕不韦报信，吕不韦让郑货务必设法拖延。
立异人为嫡子的仪式上，公子傒剑刺吕不韦，异人替吕不韦挡剑受伤。安国君赐死嬴傒师傅士仓，并将嬴傒贬至边地为卒。吕不韦叮嘱异人不可再为他犯险。异人生母夏姬与异人相见，夏姬告诉异人要孝顺华阳夫人，以大事为重。异人正式加冠成为了大秦太子嫡子。西周君率五国联军攻秦，吕不韦向异人提出可令嬴摎绕过五国联军直扑洛邑，此策与秦王稷在朝会上的计策不谋而合。秦王稷命安国君前往前线监军，安国君身体羸弱不愿前往。
周天子焦急地等待西周君带兵驰援，不想已无力回天，周王朝从此灭亡。秦将桓齮护送禹王鼎及突染怪病的嬴异人、嬴摎回到咸阳。邯郸狱卒欲溺死嬴政，嬴政濒死之际，与秦王稷梦中相会。平原君与邯郸令赶赴咸阳狱时，嬴政已一动不动，申越发现嬴政还有气息救活了嬴政。昏迷许久的嬴异人终于醒来，吕不韦也放下心了。秦王稷召太卜解梦，太卜言梦中的孩童是周太史儋预言中十七年后将出的霸王。
华阳夫人问阳泉君所求，阳泉君提出想当丞相。异人将吕不韦提出的联燕制赵之策说给安国君，上将军蒙骜不以为然，安国君定夺不下。异人大力举荐吕不韦，安国君封吕不韦为太子傅。吕不韦散播秦太子为迎回妻、子欲率秦军与燕联合攻赵的消息。赵王丹得知燕军攻赵，同意让平原君携赵姬母子去咸阳与秦议和，赵姬、嬴政得知即将归秦，十分高兴。异人向华阳夫人禀告赵姬母子即将归秦的消息，华阳夫人要挟异人立韩霓为正妻才可让赵姬母子
寺人传诏，赵姬、嬴政得以入城。公子傒带赵姬与嬴政上殿，安国君见嬴政不禁喜欢，考校嬴政，嬴政对答如流，安国君将秦王剑赐给嬴政，华阳夫人和异人大为惊诧。阳泉君欲拜访太子异人以缓和关系，华阳夫人告知阳泉君丞相的事已经稳妥了，阳泉君大喜。吕不韦与异人、赵姬谈话间，听闻嬴政持剑追杀阳泉君，异人赶忙前去处理。屋中只剩赵姬与吕不韦，赵姬质问吕不韦当年为何弃她母子二人于不顾，吕不韦向赵姬阐明咸阳之凶险。
吕不韦戳中平原君的私心软肋，平原君与秦签订割让六城的盟好条约，赵王丹痛斥平原君，平原君气绝身亡。安国君嬴柱刚即位却突然崩逝，华阳夫人支持嬴异人尽快即位，并示意要任阳泉君为相。嬴异人向吕不韦表明对华阳夫人的不满与任阳泉君为相的不愿，吕不韦劝嬴异人先坐稳王位。赵姬入主后宫，遭华阳太后刁难，嬴政替母解围。异人即位后第一次大朝，不顾众人反对，封吕不韦为丞相，阳泉君愤恨不平。
华阳太后怒斥阳泉君，并说出立成蟜为储君的构想。东周国使臣游说楚王伐秦，楚王提出齐国参与，楚国才肯出兵。吕不韦向异人陈说东周君欲谋合纵伐秦之事，并主动请缨领兵。异人告诉吕不韦若想领兵还需得到上将军蒙骜的支持。
秦国接连攻下赵韩魏多座城池，设置三川郡、太原郡。嬴政、蒙恬、蒙毅在军营比武，冬儿观战，眼里满是对嬴政的关切。华阳太后召见并试探嬴政。赵偃在女闾外被廉颇捉住，扭送至赵王丹面前，赵偃欲娶倡女被赵王丹痛骂并将其禁足。一寺人为嬴政送来汤羹，冬儿发现了汤羹异样，嬴政逼寺人喝下汤羹，寺人倒地身亡。赵姬认为是韩霓指使人加害嬴政，吕不韦答应亲自查办此事。赵偃偷偷与倡女成亲。
吕不韦深夜入宫，向嬴异人提议早立嬴政为太子。华阳太后与阳泉君密谋立成蟜为太子之事。嬴政将秦王异人欲立自己为太子之事告诉了赵姬，赵姬喜极而泣。李斯入秦准备大展宏愿。吕不韦将虎符交予将军蒙武，并让蒙恬、蒙毅寸步不离以保嬴政安全。王族家宴上，华阳太后安排伶人侮辱赵姬，嬴政怒而杀之。异人下令关押嬴政、赵姬，自己也吐血昏迷。华阳太后趁机掌控王城发动政变，命阳泉君散播了一则关于嬴政身世的谣言，并将芈启、芈颠二
嬴政在宫中未找到夏太后，便去寻郎官白上。吕不韦得知宫变及传言之事，联络百官商议营救异人之策。宗室得知嬴政身世的传言，讨论该如何是好，嬴虞提议推举嬴傒成为秦王，重创外客与楚系，让宗室重掌秦国大权，宗亲们十分动心。雪宫内，赵姬恳求嬴傒救异人与嬴政。嬴政、蒙毅找到白上，趁夜驾车逃出王城，白上不幸中箭身亡。
雪宫内，赵姬向嬴傒表明要与异人同生共死，嬴傒决定营救异人，拥立嬴政为太子。樊於期跟随嬴政前往王城救驾。华阳太后派人刺杀异人，异人死之顷刻，嬴政杀死逆贼，出寝殿时，刚好碰上从雪宫赶来的赵姬与嬴傒。章台宫前，对峙一触即发，秦王异人出现于众人面前，华阳太后政变失败。异人下诏将华阳太后幽禁、阳泉君发配边地，并召见吕不韦、嬴傒、蒙骜，立嬴政为太子，让嬴政拜吕不韦为仲父。
赵偃得知嬴政即位气愤至极，要郭开设法帮自己成为赵国太子，并承诺登位时封郭开为丞相。赵王丹派毛遂游说列国合纵无果。吕不韦找姚贾、蒙武安排人事：王绾为秦王谒者，樊於期为郎中护卫秦王，姚贾为公子成蟜老师。春秋阁内，吕不韦向士子们吐露自己的著书志向。穆歌到客栈看望李斯，李斯言说自己辅佐秦王政成就大业之谋划。看到众人皆有赏赐，郑货眼红，向吕不韦讨要封赏，吕不韦让郑货做相府家宰。嫪毐投身吕不韦门下，吕不韦念及
王绾久闻李斯才名，十分仰慕，要向吕不韦举荐李斯，李斯却拒绝引荐。清早，郑货发现相府门外的墙上有李斯所书文字，正想擦掉，却被吕不韦看见。吕不韦得知郑货赶走李斯之事，命郑货即刻请回李斯。赵姬召吕不韦进宫，想拉拢吕不韦，吕不韦感觉极不自在。郑货请李斯入相府，李斯偏要住下舍，郑货怕吕不韦怪罪，最终出手一千金，李斯才答应搬往上舍。吕不韦以上宾规格宴请李斯，甘罗妒忌，屡屡出题刁难李斯，李斯所答获吕不韦赏识。嬴
姚贾说出朝上嬴政似有不快，吕不韦不以为然。吕不韦告诉姚贾，欲兴修水利，向天下求才。韩王一筹莫展，不知该如何应对秦国的步步蚕食。韩非谏言变法强国，韩王不允并令韩非离开朝堂。韩王看到水工郑国，心生一计。吕不韦再次向嬴政灌输君臣分治的理念，嬴政十分排斥。赵姬召吕不韦调节他与秦王政的别扭。赵偃、郭开威胁利诱，要毛遂献策助赵偃为太子，毛遂说出借秦国之手换掉太子赵佾之策，赵偃、郭开大喜。
李斯道出韩王欲以修渠疲秦，郑国求李斯保守秘密并助自己，李斯盘算此事对秦有利便答应郑国。吕不韦在宴请使臣，王绾正要入相府被李斯拦住，李斯告诉王绾，韩使郑国是水利大家。王绾告诉李斯，秦王在打听他，李斯惊喜。相府宴会上，毛遂夸赞赵太子佾贤明，吕不韦内心算计。王绾入会，请郑国展示水利才能，吕不韦不动声色。宴会后，吕不韦召集姚贾、王绾和甘罗商议郑国的修渠之策。吕不韦又请来毛遂询问赵王身体状况。郑国假意返韩，
吕不韦为了避免赵姬过分亲近自己而送嫪毐入宫，赵姬心里有气但还是留下了嫪毐。王绾告诉吕不韦，李斯要离开。吕不韦试探李斯，李斯表明只愿辅佐秦王，于是吕不韦认命李斯为郎官。郑货提醒吕不韦，李斯野心很大，吕不韦自信能掌控局面，并不在意。嫪毐在甘泉宫逗留了一夜后回到相府，吕不韦以有犯罪前科为由将嫪毐送入宫中当寺人。嫪毐被送到了赵姬榻上，李斯则被安排在秦王身边为郎。樊於期奉秦王政之命考验李斯，李斯欣然接受。赵
赵偃入宫，却得知赵王丹让他替太子赵佾入秦为质，当即出言顶撞赵王，拒绝入秦。赵偃回到住处，哭诉大王命他入秦之事，倡女提议去找秦使姚贾相助。倡女与郭开搜集了各自的财物送给姚贾，姚贾答应摆平此事。姚贾抬着棺材去见赵王丹，以死相逼，在毛遂的劝说下，赵王丹饶恕姚贾并答应送赵佾入秦。赵偃、郭开看着赵佾离开邯郸开心不已，毛遂则为自己作为后悔。嬴政向樊於期询问李斯状况，并要继续考验李斯。樊於期再次让李斯值守，李斯
秦王险些杀掉李斯。王绾与李斯喝酒，二人友谊进一步增进，王绾向李斯更详细地描述了秦王政。嬴政向吕不韦提议攻赵，吕不韦不情愿。李斯说出嬴政与吕不韦召赵佾入秦的目的，嬴政暗自惊诧。赵偃、郭开要挟毛遂让其助赵偃登上太子之位，毛遂断然拒绝。冬儿向赵姬告状，说赵佾入秦，但吕不韦不许嬴政报复赵佾，赵姬决定替嬴政出头。朝堂上，赵佾觐见嬴政十分无礼，赵姬发怒罚赵佾前往骊山修陵。嬴政与吕不韦向赵姬说出对付赵国的谋划，
赵王丹得知毛遂遭人截杀，激动猝死。嬴政将赵偃即位为赵国新王的消息告知赵佾，赵佾痛哭恳求嬴政放其归国，嬴政不允。樊於期请李斯帮忙出主意助其领兵打仗，李斯提出“联燕攻赵”的谋划。赵王偃欲出兵伐秦，廉颇阻止，赵偃罢免了廉颇代相之职，将相印交给了郭开。嬴政向吕不韦提出联燕攻赵之策，吕不韦含糊其辞。燕太子丹主动请缨前往秦国商议联合攻赵之事。郭开得寸进尺请求赵偃收了廉颇的兵权，赵偃答应。李斯向嬴政进言“秦无忠
吕不韦与蒙骜、姚贾、嬴傒商议联燕攻赵之策，甘罗却称无需兴兵也可取赵城池，吕不韦遂令甘罗和姚贾出使赵国。嬴政外出巡视，吕不韦对燕太子丹避而不见。李斯得知甘罗出使赵国的消息，觉得此事会使秦王政与吕不韦嫌隙更深，而对自己有利。郭开大礼迎接姚贾、甘罗，在姚贾重礼的诱惑下，郭开游说赵王偃割让五座城池予秦。燕太子丹意识到秦燕联盟之事可能有变。嬴政巡视途中，遇到渭文君的家臣阻挠郑国修渠，嬴政当场刑治了渭文君的家
吕不韦请命任李斯为长史，嬴政同意。王绾与樊於期前来恭贺李斯，三人饮酒后说起大王与相邦的矛盾。樊於期提起嬴政刑治渭文君家臣之事，李斯预感秦国要出事。赵姬因怀有身孕带嫪毐匆忙离开咸阳前往雍城。渭文君家臣向渭文君告状，宗室众人齐聚要求嬴傒主持公道，嬴傒代表宗室去找吕不韦。众人议论嬴政欲废分封之事，各家封主闻讯赶往咸阳，围在相府门口要求吕不韦解决问题。
王绾向李斯赔罪，李斯根本不在意御史之位，只是在谋算秦王政和吕不韦的棋接下来如何下。嬴政因政事上被吕不韦压制，前往雍城见太后赵姬，赵姬惊慌失措见了嬴政却不断催促嬴政回咸阳，嬴政一气之下离开。莫必向赵佾通传情报，说赵国内有人在等赵佾回归，劝赵佾振作。赵偃厌倦了骄奢生活，扬言要出兵伐秦，倡女想要王后之位。得知赵姬与嬴政母子不睦，华阳太后开始行动，命芈启将其女芈华从楚国接来秦国。
百官在城门口等候赵姬车驾，郑货摆出吕不韦编纂的《吕氏春秋》，称谁能改一字便赏千金，百官纷纷观赏赞叹。嬴政迎接太后赵姬的途中得知芈华离开，便改道去追芈华。车驾到城门口，赵姬急切寻找嬴政身影，此时，她与嫪毐的两个儿子明儿睿儿就藏在箱中。赵姬在城门口没有找到嬴政，心里失落，向吕不韦询问嬴政为何没来接驾，吕不韦一无所知，遭赵姬责怪，赵姬乘坐吕不韦车驾一同入宫寻找嬴政。箱内的明儿睿儿发出声响，嫪毐紧张地驾太
赵姬与华阳太后打赌，若嬴政娶了芈华就开释华阳宫禁。嬴政让李斯想办法解决娶亲之事，李斯建议两个都娶。楚王得知秦王政娶亲之事，要求秦王政必须娶楚女。郭开向赵偃禀告嬴政娶妻之事，又献计将赵偃的妹妹嫁给嬴政，被赵偃一顿痛骂。李斯以故事劝说吕不韦在嬴政娶妻之事上支持嬴政。李斯劝说吕不韦成功，赵姬则说服嬴傒站在自己这边，以宗室之名举办宴席为离秋公主接风，并让芈华一同参加。
章台宫隆重地举行了秦王政的婚礼。李斯提醒吕不韦，大王已婚，当加冠亲政，但吕不韦流露出不愿让嬴政亲政的心思。吕不韦与李斯商议让赵佾返国搅乱赵国朝局，李斯将此事告知嬴政，嬴政认为可行。赵佾前往吕不韦府，以祝贺嬴政大婚之名吐露欲返赵国之念，吕不韦表示支持赵佾返国与赵偃争夺王位，并派兵护送。赵偃得知赵佾即将归赵，而朝中不少大夫已与赵佾暗中勾连欲颠覆自己，正一筹莫展时，倡后主动提出有收服赵佾之策，但事成之后
关东之民纷纷逃往秦国，赵将庞煖谏言合纵伐秦，赵偃允准。李斯收到列国欲再度合纵的消息找吕不韦商议，吕不韦决定三日后入宫大议。楚国朝堂上商议流民入秦的应对之策。李斯建议削弱吕不韦相权，被嬴政否定。春申君宴请赵将庞煖，只字不提合纵伐秦之事，庞煖愤然离去，项燕私下拦住庞煖，言说屈景昭三家已向楚王请命合纵。
不料入关的三十万联军精锐又分成两股，项燕领十五万在阴晋与桓齮纠缠，庞煖与燕太子丹领十五万直击咸阳。咸阳空虚，桓齮分兵五万给羌瘣，命其在通往咸阳的必经地——蕞城死守。咸阳城内六国商贾质子散播流言扰乱人心被秦羁押。嬴政命嬴昇保护太后及宗室、百官退守雍城，百官誓死不退要与嬴政共守咸阳。咸阳附近县邑的秦人纷纷赶来参战守护咸阳。王翦向秦王政献策解围，秦王政将自己的三千郎官交由王翦。
宴会上，宗室在赵姬面前夸赞嬴政，赵姬为嬴政的成长感到高兴，同意给嬴政加冠，但又说得问问嬴政的仲父吕不韦。赵姬向吕不韦提及嬴政加冠亲政之事，吕不韦表面答应，内心五味杂陈。猎场上突现野马，嬴政被野马甩落在地，王弟成蟜却驯服了野马，此事引起了吕不韦的注意。韩霓得知成蟜降服野马，催促他将野马献给嬴政，成蟜不从。吕不韦与郑义密谋，欲阻止嬴政亲政。
嬴政召桓齮、王翦入宫，提拔桓齮为上将军、王翦为新军主将，着手准备灭国大战之军。韩霓找其兄韩公子云商议，让成蟜带兵攻伐韩国，以此立功受封。韩云答应韩霓，却欲拥成蟜为秦王，又嘱咐韩霓遇难可向韩非故交李斯求助。韩霓向嬴政请求让成蟜带兵攻韩未果，又去找吕不韦。吕不韦同意让成蟜领兵，成蟜一步步落入吕不韦的圈套中。李斯看清吕不韦真实意图，决意顺水推舟，用事实让嬴政看清谁是忠臣。
成蟜因只得爵未获封地请命领兵伐赵。嫪毐上殿拿着成蟜、韩霓与韩国往来的书信状告成蟜里通外国，成蟜被缉拿下狱。李斯与吕不韦达成共识，不能让嬴政背负残杀手足的骂名。韩霓被赵姬审问、刁难，华阳太后保护韩霓。嬴政查军途中接到渭阳君密信，得知成蟜被抓大为恼怒，率八百轻骑赶回咸阳。吕不韦劝赵姬放了韩霓、成蟜，否则对嬴政不利，解决成蟜之事他来谋划，赵姬答应放人。
赵王偃答应助韩国对付嬴政。嬴政向嬴傒说出自己为保成蟜性命欲尽快加冠亲政，嬴傒答应鼎力相助。樊於期与成蟜在益德居饮酒，樊於期诱成蟜反秦，并抓到在门外偷听的莫必，莫必答应替成蟜送信联络赵韩两国。芈华向华阳太后透露嬴政欲尽快亲政保护成蟜，华阳太后答应相助。成蟜再向吕不韦请命领兵攻赵。
成蟜等着六国起兵响应，不想等来了王翦率领的十万大军，成蟜伏诛。郭开得知成蟜被杀，立即退兵，被赵王偃痛骂。吕不韦利用成蟜谋反之事游说赵姬，言说咸阳城中如成蟜一般有野心的宗室之人不少，一旦嬴政亲政，宗室将会肆无忌惮。朝会上，众臣奏请嬴政加冠亲政，赵姬宣告延缓嬴政冠礼。嬴政看清吕不韦的真面目，深夜召见李斯合谋罢相。
吕不韦入宫告知嬴政，诸国合纵抗秦实是魏国背后捣鼓，与嬴政商议提拔樊於期领兵伐魏，同时任蒙恬为郎中，嬴政提议擢升李斯为客卿，吕不韦赞同。吕不韦遭人行刺，郑货带人一路追赶，刺客乱入李斯府中被抓，李斯掀开面纱认出刺客是嬴虞。李斯搪塞走了前来搜捕的郑货，将嬴虞藏匿于柴房中，命辛胜看守。大朝上，赵姬提议以检举之功封赏嫪毐，吕不韦转问众臣意见，隗状与嬴傒强烈反对。
王绾谈及嫪毐与渭阳君冲突之事，李斯告诫王绾只须忠于大王。魏宏拜会嫪毐被阻拦，嫪毐心腹董奇和宣肆认出魏宏，招呼魏宏入嫪府。嬴昇向嬴傒抱怨大秦宗室不受重用，见过宫女紫后质问嬴傒当年在雪宫与赵姬发生了什么事情，嬴傒说什么都没发生。嬴昇告诫嬴傒不要因一己私情令宗室蒙羞。樊於期与李斯喝酒辞行，说自己怀疑刺杀相邦之人是嬴虞，李斯心知肚明却逐条分析嬴虞刺杀的不可能性。
大朝上，赵姬封嫪毐为长信侯，廷尉隗状当廷抗议，赵姬震怒，吕不韦为其求情，隗状被贬为庶人。李斯陈说嫪毐十八年前冒死护卫先王与相邦归秦之事，吕不韦被迫承认嫪毐之功，只得同意给嫪毐封爵。李斯挽留隗状，暗示隗状暂时忍辱负重，隗状答应留在咸阳听候大王调遣。嫪毐获封长信侯，关东列国争先送礼。
嫪毐宴请宾客，席间魏嫣向嫪毐敬酒，并将自己的珍珠头饰赠予嫪毐，赵姬醋意大发。王绾向吕不韦汇报嫪毐封侯庆宴之事，吕不韦痛恨魏国首鼠两端，命樊於期即刻伐魏。赵姬让魏嫣离秦，嬴虞送别。秦将樊於期率军攻下魏国垣城、蒲阳，魏国再遣魏霑为使向秦国求和，吕不韦提出魏国须献十城予秦的议和条件，嬴政则提出“魏字秦化”等条件，魏霑左右为难。魏国密使魏宏趁机鼓动嫪毐替魏国解围，魏国与嫪毐彻底勾结。赵姬在朝堂上接纳了魏国
姚贾将吕不韦要求以《吕氏春秋》治国的意思传达给了嬴政。楚王丧礼之日，春申君在棘门遇刺身亡，原想刺杀李斯的刺客也被迫收手。李斯得知春申君死因与楚国贵族丑闻，与阳泉君商议尽快返回秦国。嫪毐所派刺客再次向李斯出手，奉秦王密令的李信赶到，救下李斯与阳泉君。嫪毐在公子虞等人撺掇下，安排亲信担任要职。嬴政拔剑威吓嫪毐，赵姬挺身相护，秦王政对赵姬的行为感到意外和疑惑，母子感情愈发疏离。咸阳局势波谲云诡，宗室不满
吕不韦为避免在秦王政加冠前刺激嫪毐作乱而尽力安抚各方。嫪毐因此前刺杀李斯失败，又想以重礼将其收买。嬴虞向嫪毐进言秦王加冠的利害，嫪毐危机感大大增加。关内侯请见秦王政，要将嬴虞逐出宗室并对付嫪毐，嬴政没有答应。吕不韦在宗庙劝说关内侯离开咸阳回到雍城，关内侯不依不饶怒斥吕不韦。嫪毐围猎中遭刺客刺杀，刺客逃跑，嬴虞建议从晋咸居查起。郑货知道失手，派人将刺客杀人灭口，并送杀死刺客的人离开。嫪毐在晋咸居杀人
关内侯被嬴虞抓进咸阳狱，赵竭去向嫪毐禀报。嬴虞在狱中将关内侯毒打，并强行弄到了关内侯刺杀嫪毐的口供。嬴傒与吕不韦一起找嫪毐要人，嫪毐不将吕不韦和嬴傒放在眼里，双方险些动手。嫪毐带领嬴傒和吕不韦来到狱中，嬴虞知道闯了大祸趁机逃跑，众人发现关内侯已经身亡，嬴傒发誓与嫪毐不共戴天。李斯向嬴政禀报了关内侯遇害之事，嬴政斥嬴虞胆大妄为，要李斯注意嬴虞。嫪毐将渭阳君夫人阿紫强暴，嬴傒正为关内侯之死愤怒，小紫告
嬴傒手藏利刃，上朝质问嫪毐关内侯之死，嫪毐狡辩。嬴傒怒斥嫪毐，险些道出嫪毐与太后的丑事，嬴政情急之下砍断嬴傒右臂。吕不韦眼见嫪毐已成大祸害，来到嬴傒府欲与宗室合力除掉嫪毐。吕不韦劝说嬴傒与自己合力除掉嫪毐，达成一致后，吕不韦又去找赵姬，劝说嫪毐削去封爵远离咸阳。魏国密使魏宏悄悄联络嬴虞，表示愿意在咸阳乱局中支持嬴虞上位。秦国宗室同仇敌忾，准备入宫收拾嫪毐，嬴政前往渭阳君府，向嬴傒道明自己真正的目的
嫪毐见赵姬在嬴政身旁，于是作罢。赵姬知道了嫪毐欲行刺秦王政，厉声责备，嫪毐假意道歉并表示以后不做伤害大王之事。李牧接到赵王偃书信，立即部署作战，准备配合嫪毐行动。嫪毐也劝说赵姬，若有朝一日嬴政不在了，一定要立自己的孩子为王，这样也可保赵姬的太后地位。秦王嬴政向心腹李斯、蒙恬、蒙毅、王绾布置行动计划。李斯将嬴虞挟回府中，询问其辗转三晋可有收获，嬴虞潦草敷衍，李斯心知肚明。
寺人石向赵姬、嫪毐呈递上嬴政欲派桓齮、王翦、杨端和领兵于关外拒敌的诏命。嫪毐看罢出兵诏命，急不可待盖上太后玺，寺人石又将诏书呈递于吕不韦，请加盖王玺，吕不韦断定嫪毐与三晋内外勾结欲行不轨。吕不韦入宫向赵姬奏请诛杀嫪毐，赵姬说出自己与嫪毐生子之事，并以性命保护嫪毐。吕不韦又找嬴政商议诛杀嫪毐，嬴政不允。吕不韦让樊於期率精甲将嫪毐押进相府，蒙毅看到后急匆匆向嬴政禀报，嬴政一面赶往相府，一面派人通知赵姬
冬儿抱着扶苏在章台宫内不知所措。宣肆带叛军增援董奇，与嬴傒等宗室之人厮杀在一起。阳泉君点着狼烟向嬴政报信，并拼死守护点燃的狼烟。嬴政得知嫪毐叛乱，按既定部署命蒙恬赶往骊山大营传令蒙武速起骊山五万精锐前往咸阳平乱，芈启、芈颠携带王诏返回咸阳号召外客、宗室、楚系以及咸阳臣民平乱。
叛军攻入大殿和李斯家中滥杀无辜。李信前往雍城，王贲向函谷关方向狂奔欲向王翦求援。嫪毐带人久攻相府不下，命人去搬攻城器械。李信在路途中遇见前往骊山传王命的蒙恬，向蒙恬说明骊山变故后，两人一起奔赴雍城。宫女妍和寺人石劝冬儿赶快带着公子扶苏躲起来，樊於期率领为数不多的郎官拼死守卫章台宫，章台宫终是被卫尉竭率领的嫪毐叛军攻破，樊於期在寝殿未能找到冬儿和扶苏。李信和蒙恬路过眉县，眉县百姓听闻雍城危难，纷纷赶
嫪毐指挥叛军撞开相府大门，吕不韦率众杀出，双方激战。嬴政在雍城举行加冠大礼，王翦在叛军经过的路上设伏。嫪毐退守章台，咸阳百姓、相府门客、嬴姓宗亲等众人合力在章台宫剿杀嫪毐叛军，一向贪财怕死的郑货为吕不韦挡箭而亡，嫪毐逃出咸阳。嬴政冠冕佩剑，王翦在途中截杀嬴虞、王竭率领的叛军，嬴虞被俘，交出虎符，骊山大军听从王翦命令停战。王翦命王贲带三万精骑奔赴咸阳剿杀嫪毐，自己带人去雍城勤王护驾。
嫪毐出城逃命，发现自己的两个孩子还在咸阳，要回去救他们，董奇劝解不成，两人内讧。嬴傒带兵包围嫪毐，嫪毐不降并杀了弃剑的董奇，终被活捉。嬴政带众人回到咸阳，感谢城中百姓，众人齐唱《无衣》。嬴政回到宫中发现冬儿已死，命蒙恬掘地三尺擒拿樊於期。李斯审讯嫪毐，嫪毐说出吕不韦送其入宫一事。嬴政下令处罚嫪毐一党，车裂嫪毐，但暂时没有追究吕不韦。吕不韦之子吕辉担心吕氏一门会被处罚，吕不韦却很平静。吕不韦夜见嬴政
淳于越也不满芈启的敷衍之意，认为芈启不愿帮助吕氏。芈颠气走嬴傒嬴杰，嬴杰不满秦王政重用外客，建议嬴傒谏言处置吕不韦。淳于越想到了救吕氏一门的对策，就是想办法迎归太后赵姬。一些大臣前往章台劝说嬴政迎归太后，嬴政大怒，斩了二十七位大臣。
嬴政让蒙毅抱着扶苏去给吕不韦送行，并交给他一块玄鸟玉佩。吕不韦离开咸阳，嬴政收到吕不韦的留书，并觉得吕不韦的建议甚好，遂要求郑国渠加快工期，为灭国大战做好准备。宗室众人驱逐外客之心不死，想要通过清查修渠账册抓住外客把柄，无意间听到韩秘使来找郑国，让郑国拖延修渠工期一事。郑国被抓，但没有立即行刑，宗室众人心有不甘，在章台宫前纵火自焚，逼迫嬴政。嬴政苦劝嬴傒无果，遂颁布逐客令，宗室众人喜不自胜。逐客令
为补救过失，嬴傒、嬴杰连夜赶往修渠工地，路上遇见要离秦的李斯，李斯将自己所作的《谏逐客书》交给嬴傒，请他代呈给嬴政。一方面，宗室处理政务虽有模有样，却暗藏巨大纰漏，秦王秘密带郑国前往修渠工地，探查渠务。另一方面，蒙恬在函谷关阻拦外客离秦，并向李斯传达王命，笼络住离秦的外客是当务之急。与此同时，山东六国听闻秦国逐客，纷纷趁机延揽离秦的人才，赵国更是在邯郸设立金台，效仿当年的燕人千金买骨。
嬴傒在宗室的劝说下烧掉李斯的《谏逐客书》。因暴雨导致大渠决口，百姓、粮田受损严重，宗亲们既无解决办法也不想承担事故责任。在一连串的政务过失中嬴傒想起李斯的《谏逐客书》，开始反躬自省，并将《谏逐客书》的内容默写呈送于秦王政。章台宫大殿上，嬴政令宗亲们传阅《谏逐客书》，让宗室之人正视自己因力有不逮而导致秦国利益受损的事实。
秦王政命杨端和、李信率兵攻魏。赵国春平君赵佾主张出兵援魏，并言明自己已经书信李牧将军让他做好出征的准备；赵相郭开则认为此时出兵助魏只会将赵国卷入与秦的对战，弊大于利。赵王偃实则早已派出庞煖在秦军侧翼观察其动向，只是按兵不动，可赵佾私信李牧的举动加剧了赵偃的疑心。战事紧迫，魏国先后派出使者前往赵、韩、齐求援，为防止列国救魏而合纵攻秦，秦王政派李斯、姚贾分别出使韩、齐两国。
李斯、嬴傒等臣子为了秦国一统天下的大业，避免秦王政因不孝而受天下人指斥，增大一统天下的阻力，于是想要化解秦王政与太后赵姬之间的隔阂。赵王偃因在争夺外客、联魏抗秦的事上接连失利而气急败坏，倡后给赵王偃出主意，将被幽禁在雍城的秦太后赵姬带到邯郸来，秦王政自然会忌惮赵国三分，赵王偃拍手称快，遂令郭开亲自去雍城将赵姬骗回来。郭开无可奈何，只得领命乔装入秦。
待秦王政赶到雍城时，得知太后赵姬已被劫掠，立即下令封锁各个关口，搜寻赵姬踪迹。最终在河津之地，活捉郭开一行人，救回了赵姬。郭开百般狡辩想要蒙骗秦国君臣。尉缭提出不如威逼利诱，让郭开作为秦国的棋子，展开灭赵大计。嬴政想要引赵偃入秦，破坏五国盟赵之心，意图孤立赵国，达成一统天下的长策。郭开抵死反抗，嬴政入狱恐吓，郭开跪地求饶。
赵王偃意图以达成秦国攻楚之实，破除燕齐掣肘，腾出手去灭燕国。赵葱从秦国归来，言说秦王政免去郭开劫掠太后之罪、同意会盟，但是赵王偃须入秦会盟以示诚意，李牧、赵佾认为可行，郭开反对并提出赵王偃的安危问题，赵王偃嘉奖了郭开的忠心并重新信任他，赵王偃决意入秦会盟。李牧向赵王偃献策，让秦王政以国书邀赵偃入秦，昭告天下，同时册立储君，以确保赵偃安然无恙。
赵偃让庞煖派人趁田猎之机刺杀嬴政却未能得逞。狩猎战果公布，秦国比赵国捕获的猎物多三只，赵偃为挽回颜面当场揭穿李信假扮士兵。赵偃派人刺杀嬴政失败，庞煖、赵葱劝说赵偃尽快与秦签订盟约返回赵国，而赵偃生性多疑，猜测嬴政定有深层次的谋划，想拖延时日，调查嬴政的真正目的。
赵偃出游，探得秦国渭水码头有重兵把守，秦国正昼夜不停运送粮草至武关，赵偃猜想秦国密谋战事欲攻楚，决定与嬴政尽快会晤。与嬴政交谈后，赵偃更坚信了秦欲攻楚，遂同意与秦国结盟。燕太子丹出门受阻，设计让嬴杰失手刺伤自己。燕太子丹门客灌醉嬴杰，太子丹趁机离开渭阳君府，并与赵姬相见。燕太子丹告知赵姬，赵偃入秦，且秦、赵欲订立盟约，赵姬得知后勃然大怒。签约当日，赵偃突遭刺客袭击，赵偃要求秦国三日内交出刺客。嬴政
嬴政看望燕太子丹，给太子丹解释其良苦用心，燕太子丹不理会。赵佾计划半路设伏杀赵偃，另立新王。嬴政得知赵佾欲刺杀赵王偃，担心赵佾刺杀赵偃的行动会影响灭赵大计，遂让顿弱设法阻止。郭开得知赵佾要反，赶往王宫禀告倡后，顿弱半路截住郭开，劝说不要让倡后置赵佾于死地，而要利用赵佾叛乱的把柄掌控宗室扶持公子迁上位。倡后阻止了赵佾的刺杀行动，也保全了赵佾。赵偃与秦盟好，归赵后，出兵二十万攻打燕国。嬴政命桓齮和王翦
桓齮佯攻橑杨，赵偃召集群臣商讨对策，得知橑杨三万守军已挡住二十万秦军，遂不听李牧谏言，不让庞煖回援邯郸，并将李牧、赵佾贬到云中、代地。攻燕的赵军将士军心涣散，都想回救邯郸，此时庞煖接到军令，赵偃命赵军一个月攻下蓟城。赵姬约嬴政、燕太子丹宴饮，想要缓和二人关系，太子丹追问秦军为何不继续攻打橑杨，与嬴政发生争辩。嬴政带太子丹去林光宫，太子丹从修订书文之事看出嬴政灭六国的决心。庞煖陷入苦战，嬴政下令攻下
秦王政设局，故意让太子丹看到春平君赵佾的门客与秦人来往，太子丹投书将此事告知郭开。赵国边军粮草告急，郭开与赵佾争斗连累倡后将王宫的钱拿出来充作李牧的军饷。顿弱告知郭开，秦王政想除掉赵佾，郭开面见倡后告知赵佾有叛国嫌疑，赵葱在倡后面前为赵佾辩解，但倡后依旧下诏褫夺宗室封邑。李牧因赵佾被罚，率军入城堵住了宫门，郭开说这是谋反，扈辄请王命诛杀李牧。
李牧、赵佾、魏霑、田冲、韩非等人商讨合纵之事。姚贾请韩非的随从宁腾代劳给列国使臣送礼，宁腾答应。李斯修订书文已成，嬴政想推行秦篆于天下。姚贾通过宁腾送礼得知四国合纵尤其是齐国的态度，韩非得知后命宁腾返回新郑。李斯向秦王政提议利用商贾行用秦字来刺破六国合纵。
嬴杰领太子丹进入秦国作战密室，太子丹被眼前巨大的沙盘吸引。稷下学宫祭酒劝说韩非、田冲与李斯讲和，韩非与田冲断然拒绝。嬴政在密室中劝告太子丹休要再暗中与秦国作对。秦国商贾聚于驿馆门口，李斯宣布秦齐断交，秦商当街焚毁运抵临淄的粮食，跟随李斯浩浩荡荡准备离开临淄，齐商纷纷挽留，秦商不加理睬。齐相后胜惊慌失措，将此事禀报齐王，齐王建命后胜先拦住李斯，自己随后就到。
郭开得知赵佾的图谋会使自己失去相位，于是送信给秦国。赵佾派手下以购粮为由诓出郑义，赵佾向郑义表明来意，郑义断然拒绝。赵佾不断寻机欲见文信侯，皆被吕不韦的门客驱赶。秦王政与李斯等人得知赵国欲请文信侯入赵为相，嬴傒建议将吕不韦迁离洛阳。赵佾派手下四处打探吕不韦行踪，在田野间见到闲云野鹤的吕不韦。赵佾热情恳请吕不韦入赵，吕不韦以劣货比喻赵国，表明自己不愿入赵。
秦将桓齮欲与李牧两营对垒，计划在赵军东西营寨一舍之地建两座大营，而后分兵攻击赵军。秦军分兵途中遭赵军骑兵截杀，秦将李信带战车营前往东西营寨增援。赵军趁秦中军大营兵力空虚偷袭，桓齮惨败，号令残军西退至平阳驻守。
秦王政在洛阳悼念吕不韦并想出对付六国的下一步战略：以铜铁商战为手段争取六国之民入秦，以削弱六国国力。秦王政遣上卿姚贾赴临淄游说齐王，使铜铁不得经齐入赵。秦三百里大渠修成，秦王政为彰郑国不世之功赐渠名为郑国渠。秦使顿弱献策郭开，趁秦赵两军对峙肥地之机囤积铜铁获利。
三晋因大肆私铸铜铁，导致田园荒芜，民不聊生，流民纷纷入秦。韩非谏言韩王不能废农事、兴私铸，韩王、韩相不以为然。秦王政命王翦率领的秦军从赵地撤回，铜铁之价又暴跌，郭开向顿弱抱怨自己赔了钱，顿弱指点他可以做粮食的买卖。秦王政积极部署安排，妥善安置入秦之民。秦王政欲见韩非，遂命秦军顺道进入韩境给韩王施加压力。
韩非初见秦王政，在章台宫大殿上畅谈天下大势与君王之法，秦王政被深深折服，将华服高车赠予韩非。秦国上卿姚贾受命入赵，瓦解赵、楚、魏、韩四国的合纵图谋。春平君赵佾得韩非密信，设法阻拦姚贾拜见赵王，未果。在秦王政与众大臣商议以哪一国开启灭国大战时，韩非为存韩只身入殿舌战群臣。
韩非向秦王政奏陈秦迟迟未能荡灭六国之根由皆是因秦王用人不当，重用姚贾这等昏庸之辈，并诬指姚贾贪墨，秦王召回姚贾。姚贾向秦王言明自己贪墨只是自污，为了更好的与六国权臣贵胄交往，并言明韩非实乃间人，姚贾请秦王除掉韩非，秦王政不允。姚贾怀恨在心，决定除掉韩非。姚贾在与韩非的交谈中故意透露宁腾已叛韩，出任南阳假守后，将会献南阳予秦。韩非明知此乃姚贾的圈套，但为了存韩，吩咐扈从们将宁腾叛韩的消息拼死送抵新郑
宁腾告诉姚贾，韩相张让主持南阳军政，自己受制于人，只要能让韩相张让远离南阳，他便可拼死易帜。秦王与众臣商议灭韩对策，嬴政提出灭韩必先让赵国知难而退以瓦解援韩之兵，大造声势佯攻新郑，突袭赵国令其他诸国不敢援韩，南阳失陷只存新郑，韩国危如累卵，韩王必入秦请降，待其他诸国视韩国如敝履，到时兴南阳之兵再一举荡平新郑。李信率两万将士入韩境做掠劫状，随后败归，韩王洋洋得意。
倡后找到在赵国的顿弱，问秦王如何才肯罢兵放过赵国，顿弱回答赵国不归降，秦国绝不会退兵，此时赵佾告诉倡后，李牧已经击退秦将李信，阻住南境长城的杨端和，现在李牧正在赶往井陉拦截王翦之军进攻邯郸。秦国众臣商议击败李牧之策，李斯提出可以不针对李牧一人，而是离间赵国群臣，令赵国内争骤起、邯郸人人自危、君臣相互猜忌。
秦军围困邯郸数月，城内粮草匮缺，顿弱给王翦送来邯郸布防图，王翦决意暂不攻城而是困住邯郸。赵佾请郭开入宫向赵王迁和倡后禀明赵人誓死不降之志，但郭开另有打算。邯郸城内粮食短缺，将士们面黄肌瘦，无力操握矛戈，邯郸城内余粮只可支撑一个月。郭开劝倡后降秦，倡后不允。
秦王政亲赴邯郸，下令将赵王迁废为庶人，赵氏宗庙迁至咸阳，然而赵士人担心秦国行郡县后自己的封地丧失不愿归降，秦王下令开仓赈济庶民，并命郭开勒令旧赵士人交出封邑，郭开借此机会再次从中获利。邯郸贵胄都怀不臣之心，公子嘉代地称王 ，士人们也心存侥幸，表面上纳降，暗地里希望公子嘉复国。嬴政到邯郸郊外祭奠申越，赵士人趁机作乱，在龙台宫四处纵火引秦军救火，在郊外埋伏欲杀秦王政，但嬴政早有安排，赵国的反秦士人被诛
项燕举兵支援旧韩叛军，欲攻打秦国。秦王派芈启亲自前往陈郢对付楚国，好腾出手来收拾旧韩叛军以及魏、燕两国。项燕正谋划进一步攻占秦邑，景涵带着楚王之命前来强令项燕班师，原因是楚士人在芈启号召下反对负刍，楚国内乱汹汹。魏国派使臣觐见秦王，自请撤去王号，愿为大秦藩臣，言辞中泄露齐国也暗中参与了合纵抗秦，秦王政欲亲赴陈郢坐镇指挥。王翦屯兵易水，燕国上下顿感危机，派燕太傅鞠武打探消息，被王翦怼了回去。
正当秦王政、尉缭、李斯商议下一步平定目标是燕还是魏之时，荆轲与秦舞阳携督亢地图及樊於期头颅入秦求和以示诚意。李斯认为燕使此时前来，示弱求和是假，博取诸侯同情是真。荆轲、秦舞阳面见秦王，秦舞阳因惧怕紧张，止步于秦殿之外，刺杀秦王政的使命落在了荆轲一人肩上。荆轲进入秦殿，假装示弱使秦王政和秦国众臣放松警惕，逐步接近秦王政，就在秦王政专心观看督亢地图之时，图穷匕现，荆轲手握淬毒的徐夫人匕首刺向秦王政，步
李斯和王绾就分封与否争论不休。王贲率二十万大军攻魏，大梁城高墙固，天下无双，王贲攻城失败，损失惨重，不得不下令回撤再议攻城之策，秦王政灭魏之心坚定。秦王政查阅了白起当年留下的战报，找到了攻破大梁城的方法——水淹大梁，秦将王贲引黄河、鸿沟之水破大梁，魏王假出降，魏亡，秦在魏国旧地设置砀郡。
芈华认为秦王政心中已无芈姓了，自闭雪宫。秦王政亲自去请王翦出山，赐虎符命王翦率数十万大军攻楚。芈颠前往战地找到芈启，斥责他叛秦，使芈姓蒙羞，自刎于芈启面前，芈启痛哭。王翦大军尚未与楚开战，便三番五次请求封赏，秦王政一一允准，感慨王翦还是不懂他的心意。王绾不解王翦所为，李斯解惑，王翦手握重兵，以财货自污消除大秦上下顾虑。
秦楚双方激战，秦王政亲临陈郢，楚国求齐出兵相助，李斯请命前往齐国游说，但齐王已决意出兵助楚。李斯虽未游说成功，却探得齐国兵力与粮草储备，齐国已不足以阻挡秦一统天下的脚步，秦王政大喜。王翦决定以攻心之策动摇楚国军心，楚军兵士听到楚乐思乡心切，秦军趁机夜袭楚军，项燕收拢残军，欲攻陈郢诱王翦回兵救秦王。项燕、芈启屯兵陈郢城外，秦王政传命王翦全力攻取郢都，不用回援，并射书诱降芈启。王翦破郢都，俘楚王，项燕
齐国朝堂上，田冲与离秋的降秦之议遭到以齐相后胜为首的齐国大臣阻挠，后胜扣押了离秋，并向齐王建表决心可以击退秦军。秦国君臣得知齐国扣押离秋，命蒙恬猛攻高唐，而后灭完燕代的王贲大军转而突袭临淄，齐王建无奈之下毒杀后胜。
