在美丽的A城，周小山冒险截取下一家儿童福利院背后非法行为的证据并予以揭发。这本并非他的份内工作，他只是不愿看到恶人继续为非作歹。而在这座城市的另一边，就职于国际顶级生物医药实验室从事癌症药物的研究的裘佳宁正奔赴实验室与她的导师哈里教授理论。哈里教授未经她的允许，剽窃了她尚未完善的论文初稿发表。不仅如此，哈里教授的辱华言论让裘佳宁忍无可忍，二人发生争执后，拒不屈服的裘佳宁被实验室扫地出门。
医院里，秦斌从病人口中得知自己此前错怪了裘佳心，向她赔礼道歉。而找不到突破口的周小山，将目标锁定在了苏茜组的裘佳宁身上。周小山见裘佳宁在宿舍楼下正面对大堆的快递发愁，上前去帮忙。作为答谢，裘佳宁请周小山吃饭，却给周小山点了一道醉虾。吃完饭周小山问起裘佳宁所在小组的研究近况，裘佳宁想起了苏茜白天对她的提点因此没有开口。
裘佳宁来到了江城医院想找副院长进行洽谈，等候时遇见了路过的秦斌。秦斌对她一见钟情，却没能留下联系方式，等回过神来，佳宁已经不知去向。裘佳宁没能等到副院长，却被在此实习的妹妹撞个正着，谎言被当面揭穿。裘佳心以把她回国的事情告诉爸爸相要挟，让裘佳宁陪她去喝下午茶。
无论苏茜怎么向王齐天求情，郑薇还是被实验室辞退。郑薇在临行前，心怀恨意地对裘佳宁说出出身贫寒的自己能走到今天全都靠着苏茜的支持与帮助，裘佳宁这种出身优越，海外归国的人，丝毫不能懂得她的苦衷。而裘佳宁却坚持认为，无论因何缘由，做科研都容不得半点弄虚作假。裘佳宁“非黑即白”的是非观让周小山听了之后内心五味杂呈，他理解郑薇的苦衷，而裘佳宁表现出的决绝恰好戳中了他内心的痛楚。
莫莉和周小山同为查志才的手下，她声称前来协助他的任务，实则被查志才派来监视周小山的一举一动。刚做完一夜手术疲惫不堪的秦斌，遇到医院里一位病人家属，弄丢了千辛万苦筹集的医药费，正在嚎啕大哭。好心的秦斌看不过去，主动帮家属垫付了医药费。
在裘佳宁的坚持下，孙磊松口答应可以允许裘佳宁在他的陪同下查阅资料，让裘佳宁得以完成实验报告。在裘佳宁提交报告后，王齐天对裘佳宁的支持与信任让孙磊感到十分的不甘，他更加急迫地想要证明自己的实验方向是正确的，因此迁怒于组员谢笑笑，认为是她的不严谨导致了实验不成功。莫莉反复考虑对周小山的话，决心像周小山所说的，回归普通人的生活，她来到了一家格斗学院应聘，擅长搏击的莫莉却被老板拒绝，因为这里陪练的要求是“
莫莉再次来到格斗学院，这一次，习惯于攻击的她，被揍还得忍气吞声不能还手，还主动提出免费试用三个月，终被格斗学院留用。谢笑笑因为操作失误面临被孙磊劝退，裘佳宁力保笑笑，让她加入了自己的实验组。周小山提醒裘佳宁，小心将来被谢笑笑算计，裘佳宁却认为这是他的成见。每每回想起裘佳宁的率真直爽，周小山惯有的认知便一次次被打破。因为火灾，实验室里的一批受精卵性状受到了影响，需要重新进行显微注射。孙磊趁机向裘佳宁
显微注射的结果揭晓之际，裘佳宁突然为周小山开口说话，表明自己愿意替他承担后果。然而结果揭晓，周小山胜出。周小山感谢裘佳宁替自己说话，还告诉她，并不是每个人都有机会选择光明，而裘佳宁却坚信，只要心之所向，必定会获得光明。裘佳宁的话犹如一道光，照射进了周小山黑暗的世界里。裘佳宁获得了秘钥，尽管她有意识防着周小山，但周小山还是凭借自己高超的侦查能力窃取到了秘钥，但为了获得最终的结果，周小山仍需要继续潜伏
秦斌以探讨文章为由，来源计划找裘佳宁，还约她出去吃午饭，众人不由得以为，裘佳宁特意打扮，是为了和秦斌约会，周小山听了众人的议论，心里有些不是滋味。秦斌带裘佳宁来到了自己常来的饭馆，原来这家饭馆的老板的母亲曾经是秦斌的病人，所以秦斌格外关照。裘佳宁嘱咐周小山做实验，却突然被裘佳心拉出来逛街。周小山以为裘佳宁又去约会，把自己一人丢在实验室做实验，心里愤愤不平。裘佳宁在与裘佳心逛完街分开后，坐地铁迷了路
莫莉又一次扮成快递员，去到裘家，调查裘佳宁的背景。朱朱无意中发现，裘佳宁的工资高过于孙磊，并挑拨是非地告诉了谢笑笑。莫莉发现裘佳宁的父亲竟是著名地产公司的老板裘耀明，可周小山却让她不要继续再插手，希望她能简简单单地做一个普通人。为了维护孙磊，谢笑笑把裘佳宁被实验室开除的公告举报到了总公司。与此同时，裘耀明也发现了裘佳宁已瞒着自己偷偷回国的事实。
周小山提醒她，拿刀的敌人不可怕，可怕的是善于伪装的人。秦斌来接裘佳宁出去吃饭，路上，秦斌刚想开口表达自己的情意，车胎却不适时的爆了，裘佳宁索性下车三下五除二便给车换了轮胎，让秦斌更是对这位“女中豪杰”刮目相看，喜爱又增加了几分。他找裘佳心帮忙，约裘佳宁一起参加医院的团建，可裘佳宁以加班为借口拒绝了她。
裘佳宁告诉周小山，她检讨自己之前对于苏茜和郑薇的做法过于理性与严苛，此时周小山问裘佳宁，如果犯错的是他，裘佳宁会给他一次机会吗？裘佳宁说会。裘佳宁组的实验成功，孙磊也对她的能力与坚持心服口服。朱朱对周小山暗送秋波，被裘佳宁撞见，裘佳宁错以为周小山与朱朱之间的关系，周小山连忙解释自己有别的喜欢的人，裘佳宁百般猜测却完全绕过了自己。
周小山的坦率让裘佳宁更加不知所措，尽管如此，她以恋爱并不在她目前的计划内为由拒绝了他。莫莉为了报复每天在楼上制造噪音的邻居，在家里装了震楼器，她得意洋洋认为自己这是“智取”，却再次被周小山制止。莫莉开始隐约察觉到周小山似乎发生了什么变化。
裘佳心看到周小山与裘佳宁之间的短信交流，险些识破他们在一起的事情，不想让父亲知道的裘佳宁，主动提出低调处理，于是二人达成共识，开始了实验室的地下恋情。不知情的秦斌依然不依不饶，继续约裘佳宁出去，裘佳宁无奈之下告诉秦斌自己已经有男朋友了。
莫莉愤怒地质问周小山，而他为了保护裘佳宁，谎称这只是自己设的一个局，并嘱咐莫莉不要再擅自出入他的宿舍，莫莉相信了他。裘佳心带秦斌来酒吧散心，可秦斌却说自己虽然受了打击，但拼命工作只是他的常态罢了，让佳心不要担心。
实验室里小鼠的异常，周小山奇怪的履历，都把裘佳宁引向一个事实，周小山接近她，是别有所图。万般无奈中，周小山对裘佳宁撒下了第一个半真半假的谎言：他从小和阿妈在异乡受尽欺负，无意之中救下了养父查志才，才获得了新生的机会，而莫莉也是被查叔收养，与他同病相怜，相依为命。
周小山与裘佳宁在宿舍比赛玩赛车游戏，重归于好的二人又恢复了之前的甜蜜。没想到二人嬉笑的声音被楼下的李纯然听见，她在上班的路上与裘佳宁八卦了起来，却完全没想到裘佳宁正是周小山的女朋友。裘佳心虽然起初非常生莫莉的气，但在知道了莫莉凄凉的身世过往以后原谅了她，还安慰她不用担心裘佳宁的到来会抢走了她的哥哥，相反，她还会多一个姐姐，以及她这个好朋友。
秦斌约了小鱼儿的妈妈面谈，出现的竟是徐千雅，为了对小鱼儿负责任，秦斌答应徐千雅让源计划的负责人与她详谈。秦斌到了源计划对接临床合作的事情，请求她全力以赴，等见到病人家属，裘佳宁才发现小鱼儿的母亲竟是多年的好闺蜜。纵然惊讶，裘佳宁也没有多问，她尊重和理解徐千雅的难处。裘佳心带莫莉去逛街，兴致勃勃地要帮她买衣服，改造她男孩子一般的形象。穿上裘佳心挑的女孩子衣服，莫莉很是抗拒。
章宇和李纯然修成正果，请实验室众人吃饭，在玩真心话大冒险时，周小山突然当众公开了他和裘佳宁的关系，众人哗然。周小山告诉裘佳宁，自己羡慕秦斌光明正大的追求。
莫莉从裘佳心那里获知，裘佳宁下周一即将提交专利申请的材料。源计划的核心配方完成，裘佳宁告诉周小山，王齐天曾经拒绝了资金、设备更雄厚的跨国企业的合作请求，坚持要为源计划打上中国制造的烙印。虽然科学无国界，但是科学家却有国籍，王齐天希望能让中国的科学家看到祖国的希望。裘佳宁表达了她对项目的衷心，见裘佳宁如此坚定，周小山也表态，自己会和她一起守护源计划。
佳心让莫莉把她家当作自己家，可裘佳心的母亲却担心女儿在外交友不慎，告诫裘佳心不要和这种来路不明的女孩走得太近。这些刺耳的话都被莫莉听到。本在犹豫是否执行查叔指令的她，受刺激后下定了决心要报复这一切。谢笑笑知道自己回归孙磊组后并不高兴，觉得孙磊是因为同情她才帮她一把，她拒绝了孙磊复合的请求，她决心要凭借自己的努力，把工作做好。
秦斌因为医院有急事被召回，裘佳宁伤心醉酒，周小山来接她回家，裘佳宁一次次的问着他真的没有爱过自己吗。周小山无法抑制自己对裘佳宁的感情，却无法说出口，只能把裘佳宁送回家，交给裘佳心照顾，裘佳心察觉到周小山对裘佳宁十分关心，明明是余情未了。实验室里众人得知二人刚公开就立马分手，议论纷纷。
周小山的任务一筹莫展，莫莉看出来周小山对裘佳宁藕断丝连，她告诉周小山，裘佳宁和秦斌才是一个世界的人，他和裘佳宁不可能有未来。周小山被莫莉戳中了痛处，一贯沉得住气的他与情绪失控，与楼上的邻居发生了冲突。裘佳宁作为周小山的领导，被派出所喊去接人。
看着五彩斑斓的烟花，裘佳宁释然，她感激两人相处的每一个瞬间，相爱一场，她不后悔。心痛不已的裘佳心去打拳发泄，与莫莉喝酒诉衷肠，佳心说自己终于理解了莫莉爱而不得的感受。裘佳心酒醒后嚷嚷着要让姐姐给她做饭，裘佳宁打开空空如也的冰箱，想起了周小山曾经给她做饭的样子，如今却物是人非。
新的合成工艺还在紧张研发中，王齐天突然病倒，这对正面临巨大压力的源计划来说，无疑是雪上 加霜。裘佳心与莫莉和好，她再次邀请莫莉回家吃饭，裘佳心的盛情难却，莫莉只好跟去。源计划的实验结果并不乐观，而总公司向源计划施加压力，裘佳宁承诺会在 A 城科学大会之前研发出新的合成工艺，然而所有人都对此不乐观，也担心裘佳宁是因为感情受挫，在工作上把自己逼得太紧。
周小山的背叛，让查志才不得不拿出另一个筹码——他的女儿香兰。原来香兰并没有死，只是精神出了问题，一直被查志才藏在疗养院里。
莫斯受查志才所说，与周小山谈话，试图压抑周小山的感情，可周小山心中的善念已经势不可挡，无法再继续压抑。在最后的关头，实验成功了，裘佳宁来到周小山空空如也的房间，此刻，所有的委屈、思念、痛苦都化为眼泪，奔涌而出。孙磊主动向总公司主动提出，应该让裘佳宁去出席 A 城的科学大会。
阮文昭沉湎于对香兰的思念，他坚持认为，只要他没有见到香兰的尸体，香兰就一定还活着。查 志 才以周小山母亲相要挟，让他继续去执行任务，一边是裘佳宁，一边是亲生母亲，周小山心里已如一团乱麻。周小山从查家出来，阮文昭已等候他多时。阮文昭觉得不公平，为什么香兰和他都没能善终，为什么周小山却好好的。
周小山的回归让所有人都深感意外，他告诉章宇，人生苦短，他不想再逃避。此时裘佳宁全身心地投入到工作中，无论别人怎么劝说，都不愿再受感情的干扰。秦斌从莫莉那得知裘佳心一直喜欢自己的事情，心里十分复杂，紧接着又得知裘佳心留院时没有继续跟他，而是选择了人品堪忧的钱主任。
心中无比抗拒相亲的裘佳心硬着头皮，画了夸张的大浓妆，想把对方吓退，结果发现对方竟然是自己崇拜已久的电竞大神江晓野。无意间听到裘佳宁要去相亲的周小山向她询问，才知道原来佳宁是陪妹妹去相亲。
裘佳宁终于决定与周小山共同面对未来发生的一切，二人终于复合。面对父母的催婚，裘佳宁把自己和周小山的关系和盘托出 ，遭到了父母的疑。裘耀明对周小山的背景进行了调查，他复杂的过去让裘耀明不得不怀疑他的动机。他约了周小山见面，当面询问他过去的所有疑点，强烈反对了 这段恋情。裘佳宁知道后气冲冲地冲进裘耀明办公室，无论她怎么说，裘耀明都无动于衷，他在裘佳宁的身上，就像看到了当初她生母坚决要离开她的样子，他害
苏茜故意在市场上抬高了募集临床试验试药病人的试药费用，这就意味着源计划的二期临床需要增加预算，总公司将不得不向天成基金低头。知道阮文昭在背后捣鬼，周小山前来与阮文昭对峙，阮文昭讥讽他就像是活在下水道里的灰老鼠，威胁他要把他的身份揭露给裘佳宁和父亲。
阮文昭作为投资方突然出现，像一颗随时有可能会 爆炸的定时炸弹，周小山知道，阮文昭此行针对的对象，正是自己。而苏茜作为专业顾问的出现，也让裘佳宁感到危机四伏。在背景调查的谈话中 ，阮文昭当着众人的面提出，自己与周小山大学同校，或许有过交集，却被周小山矢口否认。
周小山迟迟拿不出材料，阮文昭步步紧逼周小山， 周小山拿出了阮家早年发家的黑料，阮文昭就此收手，放了周小山一回。毕竟，找回香兰才是他最终的目的。可事情背后的主谋，绝不会善罢甘休，周小山一天没回来，查志才一天不会告诉阮文昭香兰的下落。他给阮文昭出谋划策，建议他要找准周小山的“要害”——裘佳宁。
裘耀明看到了网上对裘佳宁的攻击，他太了解佳宁，相信她不会做这种事，要替她讨回公道 。父女二人相互依偎，裘耀明把女儿交到了周小山手上，让他保护佳宁的安全。
阮文昭还有最后的筹码，他威胁周小山，要把他的真实身份告诉裘佳宁。发布会上，不仅裘佳宁本人对事实进行了澄清，苏茜作为哈里实验室的前员工，更是突然出场，字字珠玑，逻辑严谨地把哈里剽窃自己论文初稿抢先发表的事情公布于众。
阮文昭把裘佳宁骗进房间，意对她图谋不轨，他想重演当年被香兰误伤的情境，让周小山再替裘佳宁顶罪，还原当年的悲剧。阮文昭扬言要告诉她周小山身份的真相，周小山要阻止这一切，他宁愿以死还香兰一命。对他来说，回到查叔身边，是地狱，让裘佳宁知道他的真实身份，也是地狱。
周小山告诉阮文昭，自己选择回来，是因为裘佳宁让他决心要做一个堂堂正正的人，这样才能配得上他与裘佳宁之间的感情。查志才带周小山和阮文昭见到了在疗养院的香兰，香兰已经疯癫得不成人形。查志才告诉周小山，只要交出源计划，就保他和裘佳宁下半辈子衣食无忧，不然就告诉裘佳宁他的真实身份。
裘佳心生命垂危，被转送回来救治，佳心的父母，伤心地怪罪秦斌。秦斌和裘佳宁在焦急地等待着消息的同时，都不断地责备自己，没能照顾好佳心。周小山不愿再替查叔作恶，他不想给这个世界再增 添一分罪恶，他被裘佳宁改变了，他内心的善良被唤醒，莫莉虽然能理解，她也羡慕裘佳心那样幸福的人生，可她没有选择，她的世界里没有善。
裘佳宁趁周小山不在，故意激起莫莉对自己的敌意与愤怒，使得她擅作主张故意放走了裘佳宁，让她独自穿梭在满布地雷的森林，然后自己假装被打晕在家中。周小山一眼识破莫莉的诡计 ，掐住她的脖子逼问她裘佳宁去了哪里 ，莫莉告诉他 ，恐怕裘佳宁已经在雷区里被炸得粉身碎骨。
裘佳宁警告查志才，如果她死在这里，查志才不仅得不到配方，他的下半辈子，也不会逃脱法律的制裁。但查志才绝不会这么轻易地放过他们，他让周小山最后出一次任务，尽管裘佳宁再三劝阻他不能相信查志才的话，可周小山别无选择，还是决定赌一把。
阮文昭和周小山达成了共识，他们之所以会变成今天这样，都是因为查志才的算计，他们斗不过他，因为查志才没有良知，没有软肋。阮文昭求周小山交出源计划，而周小山告诉他，在这场战争中，自己和他并不是敌人。被周小山抛弃的莫莉，为了证明自己能够出色地完成任务，单独出动，去盗取价 值不菲的红宝石手镯。经验不足的莫莉不敌对手，身受重伤，奄奄一息，临死之前，红宝石手镯从她的手中滑落，她告诉周小山，自己完成了任务，她成
