明朝末年，号称淑勒贝勒的努尔哈赤征服了建州五部，一面打击海西女真，一面全力进攻东海野人女真。此时的努尔哈赤表面归顺大明，向万历皇帝朝贡，宣誓效忠，暗地里却厉兵秣马，壮大势力。
耿京士不负众望取得比武大赛的胜利，他迫不及待想带着赏金离开。努尔哈赤却说自己是爱才之人，希望耿京士能够归顺于他，耿京士断然拒绝，称自己来比武只为赏金而来。
戈振军认定是耿京士杀害了何玉燕的父亲，耿京士称自己是被奸人所害，争吵之间两人打起来。何玉燕不相信耿京士会这样做，认为这中间一定是有什么误会。戈振军不听两人的解释，一剑杀了耿京士。
常五娘被戈振军拒绝，发誓要报复他，报复天下所有的男人。蓝玉京想跟着蓝水灵一起回神农架参加女儿会，蓝水灵说男孩不满十八岁不能参加。蓝水灵在女儿会上结识了外乡人郑巧儿。
蓝玉京打伤了寨主的弟弟，寨主带人登门兴师问罪。无相罚蓝玉京关禁闭窟三天三夜，寨主不同意，无相只好答应帮他的弟弟治伤，然后传授给他武当剑法，他才肯罢休。
无相狠狠教训了蓝玉京一顿，蓝玉京连连向不闻赔礼道歉，不闻不能说话，可他用手语为蓝玉京求情，无相还是决定惩罚蓝玉京，蓝玉京吓得连连求饶，无相才肯饶过他。戈振军罚蓝玉京不许吃饭，还要在饭堂门前倒立到天黑。
无色和无量帮无相护法，无相强打精神为蓝玉京疗伤。戈振军来到炼丹房，发现了闯入者留下的毛发，只是猜不到对方是谁。戈振军回到住处，看到常五娘在这里等候多时，常五娘逼他拿出红丸，戈振军只好承认红丸被人掉包，他拿到的是假的，常五娘却不以为然。
戈振军半夜做噩梦被吓醒，正好看到常五娘来到蓝玉京的房间，想要对熟睡中的蓝玉京下手，戈振军立刻上前阻止，把常五娘带出房间。常五娘说蓝玉京不能留，要趁着红丸的药性发作把他除掉。
长老怀疑是戈振军给玉京下的毒，戈振军无话反驳。蓝玉京被逐出武当，不得踏进山门一步。郑巧儿被爷爷关禁闭扎马步三天，听说了蓝玉京的事情后，她想去找蓝玉京，但爷爷不肯放她出去。
玉京身体里红丸的药效发作，一直昏迷不醒。郑巧儿和东方亮准备去找不岐道长的时候，不岐道长自己回来了。无量道长又来找不岐问他红丸的事情，顺便为玉京运功治疗。
不岐主动要领教不波的太极剑法，不岐胜出，不岐认为此次公举无量师祖是掌门的不二人选。牟沧浪带领锦衣卫赶来，包围了紫霄宫，随即拿出圣旨宣布：武当须将全部武功典籍上交，武当弟子皆不可再继续修炼武当武功，由朝廷指派的新任掌门牟沧浪执掌武当。
水灵和巧儿潜入藏经阁，根据字条的提示找到了武当最重要的武功典籍，一直藏匿在藏经阁中的五娘和唐二抢走了武功典籍并放火要烧了藏经阁，此时，郑铁岗突然出现，救下了水灵和巧儿。五娘和唐二向牟沧浪复命，呈上了抢来的剑谱，但此剑谱只是初级剑谱，连初入山门的孩子都会，牟沧浪大怒，下令捉拿郑铁岗。
蓝玉京与东方亮比试剑法，东方亮夸赞玉京武艺大有长进，玉京将武当七十二路夺命剑法送给东方亮。东方亮收到密信，决定与蓝玉京暂时分别，相约之后在少林寺见。
牟沧浪掌管武当，不岐被其他师兄弟骂成叛徒，无量出来解围，并劝说不岐配合自己。西门燕逼迫东方亮跟自己回去，东方亮不肯，两人大打出手，西门燕败下阵来，东方亮多方劝说，西门燕却不依不饶，随后劫持蓝水灵离去。
蓝玉京想用内功为巧儿疗伤，但却因体内没有真气未起到任何作用。巧儿因为发烧全身发冷直打哆嗦，蓝玉京只好出去寻找柴火，回来时发现一条毒蛇正对着巧儿虎视眈眈，蓝玉京冲上去与毒蛇搏斗咬伤了毒蛇，蛇血引发了他体内的红丸之力。
东方亮同意和牟一羽上少林，但他要求要光明正大地拜上山门，与少林僧人比剑。蓝玉京和巧儿去少林寺拜会本无大师，本无大师以少林寺闭门谢客为由拒绝让蓝玉京入内。吃了闭门羹巧儿很是气愤，蓝玉京告诉巧儿，本无大师刚才已经给了他提示，约他今晚三更见面。
圆通和慧可切磋武艺，两人不分高下，方丈及时出手让两人点到为止。东方亮挑战少林寺高僧失败，只好在山下等蓝玉京。圆通欲与蓝玉京比试，蓝玉京通过之前的观摩，将四平拳融于自己的武当剑法中，受到了圆通的称赞。
牟一羽对东方亮说玉京早已不是当初那个傻傻的小子了，他现在身集武当少林两大门派的秘籍法门，只要潜心修炼数年，必有大成。慧可给蓝玉京讲小五义的故事，玉京和巧儿都听得入迷，山洞中玉京的功法剑谱意外被火烧光了，火光中显现出几排字来。
西门燕为感谢蓝水灵的救命之恩，与蓝水灵结为异姓姐妹。郑巧儿和蓝玉京随慧可师父前往断魂谷，途中他们被人下了迷药并被关进了断魂谷的地牢。
西门燕想让蓝水灵拜入西门夫人门下，但蓝水灵认为这样做是背弃师门，西门燕不以为然，她觉得既然蓝水灵和她拜作了姐妹，就可以认西门夫人为干娘，母女间传授武功天经地义。东方亮扮成黑衣人下地牢与蓝玉京比试剑法，当他得知蓝玉京的饭菜被下药气愤不已，去找帮主理论。
东方亮向断魂谷帮主说出实情，地牢里的耿玉京三人并非是昆仑宫派来的，这一切都是陆志诚在挑拨昆仑宫和断魂谷的关系。西门燕和蓝水灵在赶往断魂谷的路上，遇到了前来报信的断魂谷三当家，众人才知道是中了陆志诚的奸计。
西门燕带着耿玉京一行人来到昆仑山死亡谷，为寻找七星剑，耿玉京决定一人勇闯死亡谷。蓝水灵担心玉京的安危，于是和西门燕一起去找东方亮来帮忙。牟一羽带人攻上了昆仑山，在一位老前辈的协助下，玄武阵阵眼很快被破。
常五娘用言语激怒蓝水灵，蓝水灵与常五娘打斗起来，常五娘不敌水灵败下阵来，唐二出手拦住水灵带着常五娘仓皇逃脱。黑衣人破了朱雀阵西门夫人不禁担心起水灵和西门燕的安危，得知黑衣人带着牟一羽前往青龙桥，她决定去趟青龙桥，看看究竟是何人要彻底灭掉昆仑宫。
蓝玉京向东方亮讲述这一路上的经历，他与巧儿在昆仑山接受了一番历练，还拿到了七星剑，但想到慧可师父死在了黑衣人的手中不禁自责起来。巧儿安慰玉京，并表示要尽快查出真相不让无辜的人枉死。
蓝玉京向一位老伯打听耿京士的下落，老伯没有听说过耿京士，但他表示黑虎镇地方不大找个人很容易，他邀请蓝玉京结伴而行。东方亮生命垂危，在蓝水灵的精心照顾下东方亮苏醒过来，但很快又昏死了过去。
玉京在一旁围观比武大赛，却被场上的勇士点名要一起比试比试，玉京凭借自己的武当剑法赢了比赛，并获得了一锭金子。蓝水灵救了东方亮，东方亮表示自己来日必定舍命相报。
蓝玉京决定私自放了新兵营里的壮丁，苏老伯赶来，他表示若是大军统领得知新兵营遭劫，定会全力追捕在逃的壮丁，若此时回家无异于自投罗网，他提议将这些壮丁暂时收作府上的家丁保护起来。
雷大哥和雷大嫂带着寨子里的人赶来欢迎蓝水灵，她们一起载歌载舞非常开心。金阁主再次邀蓝玉京加入凌雪阁，蓝玉京没有立即拒绝而是问了俸禄的事情，金阁主答应每月给他十两，若是有功再加赏金。
锻造陨铁的事一直没有进展，东方亮和蓝水灵想要帮忙，宋先生指出要锻造这种陨铁，必须找到一种药水才行。玉京被封为金鼎侍卫，专司护卫大汗之职，郑爷爷告诫玉京要想取得努尔哈赤的信任，必须要处处谨慎，不可贪功冒进。
刺客已死但背后的指使者还没有查出，詹王提议要稳定军心，就要再攻下大明的一座城池。东方亮在野外偶遇一个老伯，没想到竟然是自己失踪的爹爹，但老伯已糊里糊涂认不出东方亮了。
郑铁岗得知蓝玉京将熊廷弼当成刺客抓捕了，他怒斥蓝玉京太糊涂，因为在他看来熊廷弼可不是什么刺客，而是大明最忠心耿耿的守将。得知熊廷弼的真实身份蓝玉京很是自责，他被努尔哈赤所迷惑，只记得家仇却忘了国恨，他决定与努尔哈赤决裂，营救熊廷弼。
蓝水灵到处找都找不到东方亮，最后在山洞里找到了昏迷不醒的东方亮。东方亮练剑入迷生出了很多白发，还不肯吃药，蓝水灵伤心的哭了起来。蓝玉京和郑巧儿根据郑铁岗留下的线索找到了同福药铺，顺利与郑铁岗会合。
后金与大明的大战一触即发，京师传言，有金国密探混入，窃取密报，东厂、西厂更是借机铲除异己。熊廷弼被东厂追杀，巧儿带着熊廷弼先行一步，却不料熊廷弼最终被东厂的人抓走，巧儿也被打成重伤晕死过去。
巧儿不知所踪，玉京大受打击，整个人一蹶不振。为了让玉京能振作起来，西门燕带着玉京前往荷月轩，玉京听了苒苒的曲子内心的烦闷开解了不少。经过这次的事，玉京终于肯主动和西门燕出门了，西门燕带着玉京放风筝，玉京在其中恍然悟出了道的真理。
蓝玉京受伤倒地不起，义父想起玉燕临终前的嘱托，帮玉京挡了致命的一掌。义父受了重伤，临死前告诉玉京，他趁玉京父亲不备之时偷袭了他，才会要了玉京父亲的命。蓝玉京将义父的遗体火化，并承诺要带义父回武当，因为那里才是他最想去的地方。
一名黑衣人将蓝玉京带到郭璞的墓前，他身手十分敏捷，玉京猜测他肯定是个高手，黑衣人主动亮出自己的真实身份，原来他就是郭璞。玉京告诉郭璞他找回了七星剑，但七星剑被他的一个已故的朋友巧儿带走了，就在这时巧儿出现了，原来她只是腿部受了伤这段时间一直在养伤，蓝玉京和郑巧儿约定以后再也不分开。
东方亮来到武当，准备救出蓝水灵，谁知在与牟沧浪打斗中强行运功导致走火入魔，蓝水灵不忍心看着东方亮死在武当，拿自己的性命逼迫东方亮离开。金阁主带着大队人马准备进攻武当山，而无量道长带着东厂的人也在逼近武当山。
东方亮使用无刃古剑开启了武当山的暗道，巧儿带众人进入了暗道，发现了武当山的军械库。东方亮通过修炼暗道中的武当剑法，功法精进。无量道长带人追寻武当弟子来到丛林，林中遍布迷雾，无量命大家分头搜寻，牟沧浪早有准备，在林中设下了埋伏。
金阁主等人妄图毁掉武当山的金顶，武当山上一场混战开启，东方亮打败了无量，玉京杀死了金阁主。郭璞临死前将七星剑托付给玉京，希望他能代自己把剑送回昆仑山。皇帝赐给武当太玄紫霄宫牌匾，以正视听，将武当奉为大明国教。
