SGC被一群眼睛发亮的外星人袭击后，Jack?O’Neill被招回来领导到Abydos的第二次出征，他的任务是找到Daniel?Jackson博士。Daniel发现了一间刻满涡形文字的古殿堂，而Carter认为这个是一张上百万星门地址的地图。???Sha’re和Skaara被敌人虏走，Jack和Daniel回到地球组成一个探险小组—SG1。他们去到Apophis的星球Chulak，发现Sha’re
? ?正当SGC被Apophis轰击时，Kawalsky少校在一场战役中被一只Goa’uld幼虫寄生。Daniel和Jack试图和它沟通但失败了，它控制了Kavalsky的心智。最后他企图逃跑时被Teal’c制服。
在Simarka星球SG1遇到一个类似于蒙古族的Shavadai族，这里女性是没有地位的。Carter被卖给一个族长，她逃跑失败后对这种制度发出了挑战，最后她打败了族长。
? ?从一个分为文明和原始两边的星球回来后，SG3和两个SG1队员感染了一种病毒并且迅速蔓延到整个SGC，被感染的人都会变得粗鲁、野蛮。剩下的未被感染的Teal’c和Daniel最终找到了疗法。
?SG1被派往调查SG9的失踪事件。他们发现SG9领队Jonas?Hansen，Sam?Carter的前任未婚夫把自己当成了神，残酷奴役着当地居民建造庙宇。Carter和她的队员们帮助当地的居民了解Hanson只是利用了科技而不是神的事实。
?一个奇怪的蓝色水晶袭击了O’Neill并复制了他跟随SG1回到地球。他去见O’Neill的前妻Sara并试图找到他们几年前意外死亡的儿子Charlie，然而Sara对他的行为迷惑不已并且地球的磁场会伤害这个水晶生命。最后他变成Charlie的形象和真Jack和Sara说再见。
SG1在一次埋伏Apophis的行动中反被Apophis所伤濒临死亡，一群和平的Nox人救活了他们，但他们是否对付得了Apophis和他的Jaffa？SG1试图帮助他们却似乎弄巧成拙。最后Nox用他们特有的方式解决了这个问题。
