推理研究社开始调查学园七大不可思议的谜团，在过程中社长以遗体的状态被发现。金田一一（道枝骏佑饰）和美雪（上白石萌歌饰）虽然在现场看到神秘男子的身影...。
一（道枝骏佑饰）和美雪（上白石萌歌饰）等人参加了钓鱼团。但前往的圣恋岛上能听见怪物『赛莲』毛骨悚然的哭声响彻全岛，而且不可思议的事件也接连发生。
发生连续杀人事件的圣恋岛出现新的牺牲者。一（道枝骏佑饰）等人就像是被某人玩弄于掌心般，被引导至尸体的所在处。另一方面，美雪（上白石萌歌饰）担心着不眠不休地埋头推理的一。
一（道枝骏佑饰）与美雪（上白石萌歌饰）来到白蛇村旅行，他们和剑持警部（泽村一树饰）在古老酿酒铺『白蛇酒藏』发现尸体。其中藏着家族充满爱恨纠葛的真相。
一（道枝骏佑饰）与美雪（上白石萌歌饰）、佐木（岩崎大升饰）一起参加住在同间民宿的美术大学学生举办的试胆大会。试胆大会的舞台是医院，而据说名为花子的亡灵会出现在医院厕所。
一（道枝骏佑饰）参加一场暗号游戏，试图找出著名纪实文学作家橘（胜矢饰）的新作原稿。但后来众人发现橘陈尸屋内，还目击了手持凶器，呆站在旁边的一。
以杀人犯身分逃亡中的一（道枝骏佑饰）在追查真凶的过程中目睹接连发生的杀人案。 被逼入绝境的一固守于顶楼，他虽然持枪与包围他的警察对峙…。
名门巽家的寡妇紫乃（仙道敦子饰）收到“猎头武者”的恐吓信。身为她的青梅竹马的剑持警部（泽村一树饰）与一(道枝骏佑饰)来到巽家后，撞见骨肉兄弟在争夺家督的地位…。
为了观赏舞台剧《歌剧魅影》的一（道枝骏佑饰）等人意外目击了剧团成员彩排时因落下的水晶灯而丧命。据说化作魅影的可疑人物似乎潜藏在这座剧院。
魅影的面具在城（增田升太饰）的房间内被找到。城为了证明自己的清白而独自待在密室内。但当一（道枝骏佑饰）来到剧场时，城却已经被杀害。
