贺兰山农场七队畜牧组长前往劳改队接本队即将刑满释放的孙见利、谢狗来、姜文明。但劳改队干警宣布的释放人员名单里，姜文明却变成了许灵均。一路上，孙见利、谢狗来对许灵均百般刁难，组长厉声阻止。场部办公室朱主任让许灵均整理阅览室内的书籍，许灵均如获至宝，把一部分书带回宿舍藏到被窝里，却被前来送饭的黄菊花发现，黄菊花没有举报许灵均，他们两人之间的故事开始了。
曹守义让许灵均娶精神有问题的黄菊花，许灵均连忙表示黄菊花是革命烈士遗孤，而自己是资本家后代，不敢高攀。照相馆齐馆长把一部破损的相机送给许灵均。场部职工小马当众羞辱许灵均，黄菊花赶来阻止小马。许灵均向黄菊花表示，自己和她不可能组成家庭。黄菊花强迫许灵均和她结婚，弄出一场闹剧。曹守义无奈之下，只得决定将许灵均先下放生产队。
进入七队后，老白干让人把许灵均带到队里安排的临时住所——马厩。按队部决定，许灵均来到梁大嗓家吃饭，梁大嗓故意准备些剩菜剩饭，并对他冷言冷语，许灵均周围的人都在刁难他。姜文明喝得醉醺醺的来找许灵均算账，许灵均安慰姜文明，并表示姜文明其实并没有写反诗，姜文明喜出望外。
农场的叶场长欣赏许灵均的正气与担当，鼓励他不要丧失信念，要相信光明终会来到。老白干在七队到处制造舆论，老郭和张队长商量，二人以草情不好，畜牧组上山放马为由，让许灵均暂避风头。机缘巧合下，许灵均成为牧马人。在苍茫天地间，许灵均驰骋在广阔的草原上，他感受到自由的可贵，心情逐渐开朗。
许灵均以德报怨，与昔日找他麻烦的村民冰释前嫌，姜文明得到许灵均帮助被释放。十几个年轻姑娘因老家遭灾，来到宁夏贺兰山农场求生路。叶功正主持召开场部会议，对各队妇女主任传达了农场的任务——各队妇女主任认领一个逃荒来的姑娘，并负责帮其找到婆家。梁大嗓看上了四川姑娘高向红，高向红提出要一百元彩礼，这个要求让大家犯了难。许灵均依旧坚持自由恋爱不愿意被撮合。
高向红表示自己要彩礼钱是为了给家里重病的妈妈和年幼的弟弟，并直接表示，三天之内，谁能拿出这100元钱，她就嫁给谁。众人一起想办法凑钱，只为促成许灵均的亲事。谁知道，张麻子带着100元钱来到队部，提出要娶高向红。老白干当众逼迫高向红表态，高向红同意嫁给张麻子。
畜牧组长郭组长赶车经过月亮门，看到昏睡在地上的李秀芝，上前询问得知，李秀芝老家遭灾，前来嫁人，可对象却意外身亡，自己只得在野外流浪。郭组长心软，把她带回七队。因为许灵均上山放马，郭组长让她先暂住在许灵均住的马厩里。
老白干一推门就撞见许灵均和李秀芝睡在一张炕上，于是趁着这个机会，公仇私仇一起报，立即说许灵均“耍流氓”“乱搞男女关系”。张队长只得和老郭一起努力拖延时间。姜文明写了介绍信之后，老郭盖了队委的章就找借口去了农垦，把许灵均和李秀芝的结婚证给办了。
老白干依然不依不饶地把事情闹大，曹守义来到七队，以违反组织纪律、私盖公章等理由将老郭关押，并借此威胁许灵均，让他娶黄菊花。
经过大家的准备，许灵均和李秀芝在马厩前举行了一场特别的婚礼。大家都来道贺，众人都为这对新婚夫妻的命运波折而感叹。高向红难产，许灵均把老梅请来，众人齐心协力，高向红顺利产下孩子。
上级来了新指示，即将开展“早请示晚汇报”活动。许灵均上山放马，老白干趾高气扬地指派李秀芝顶替许灵均参加活动。许灵均放马归来，对李秀芝满心愧意，李秀芝却毫不在意。农场下达了“破四旧”的指示，老白干带人挨家搜查。在许灵均家，李秀芝为保护书籍，用擀面杖打破了老白干的头。老白干恼羞成怒，将李秀芝押回队部，并去场部请曹守义来开李秀芝的批斗会。
批斗台上，李秀芝两手被绑。许灵均冲上批斗台，高呼老白干才是反革命。原来老白干撕的书是英文版的《资本论》，众人表示老白干公然撕毁伟大思想武器，必须对其做出严重处分，老白干瘫倒在地。七队唯一的老师离开学校，张队长召开队委会，最终决定让许灵均去给孩子们代课，许灵均激动不已。
随着政治局势的变化，叶功正被下放到五七干校，曹守义也面临着重重危机，朱殷怀小人得志，控制了场部。朱殷怀指使老白干审问许灵均，让许灵均检举揭发曹守义。许灵均不妥协，朱殷怀派手下用钢鞭将许灵均打昏，老白干将写好的检举材料按上许灵均的手印，这一幕都被躲在窗外的赵静看到。
郭谝子、梁大嗓、谢狗来、孙见利等人来安慰李秀芝，表示无论发生什么，都会保护她不受伤害。老白干又找上门来，传达朱殷怀的指令，让李秀芝打掉孩子，众人愤怒，老白干被大家的气势喝退。朱殷怀走进厕所，白玉点燃几个大号炮仗仍进储粪池，炸了朱殷怀一身秽物。朱殷怀气急败坏，白玉和曹彬彬早已消失不见。
朱殷怀来到李秀芝家，声色俱厉地盘问曹彬彬，并要把曹彬彬抓走，李秀芝上前保护曹彬彬，反被朱殷怀推倒，导致流产。医务室里，李秀芝嘱咐众人一定不要把自己流产的消息告诉许灵均，以免引发更大的矛盾，曹彬彬知道自己惹下大祸，伤心痛哭。许灵均等人被押到五七干校劳动，意外地碰上叶功正。叶功正对许灵均讲起自己的过往，并告诉他一定要充满信心，总有一天，会拨云见日。
夜晚，朱殷怀来到老梅家，趁其不备，掏出匕首将其刺伤。一路尾随的谢狗来破门而入，与朱殷怀扭打在一起。老梅在晕过去之前，认出朱殷怀正是当年在战场上逃跑的汉奸。他们闹出的动静引来众人。
真相大白后，朱殷怀被绳之以法，叶功正也官复原职，许灵均和曹守义也被释放了。曹彬彬要离开七队，许灵均和李秀芝来送行，曹彬彬依依不舍。曹彬彬来到医院看望曹守义，曹守义对于曹彬彬想要跟许灵均学习一事坚决反对。
到了七队，秀芝妈妈看着女儿住的简陋房间，一脸不悦，唠叨着秀芝吃苦受难，许灵均尴尬不已。新来的知青何琳主动与曹彬彬搭讪，打听到许灵均祖籍上海，是个有文化懂艺术的人，她对许灵均的好奇心更强了。
孙见利、谢狗来和姜文明拎着礼物来到许灵均家，三人你一言我一语，秀芝妈妈态度缓和。可没成想姜文明和谢狗来高兴过头，把许灵均蹲过劳改队和父亲是资本家等事都说了出来，秀芝妈妈恼羞成怒，将三兄弟轰出家门。何琳宿舍的炕有问题，钱有为逞能，结果把烟道堵了。梁大嗓找许灵均帮忙，许灵均技术娴熟，很快就帮助何琳盘好炕，何琳对他崇拜不已。
李秀芝快要生了，秀芝妈妈表示暂时不走，但是房子的事情必须尽早解决。许灵均找到老郭，说出自己目前面临的困境，想跟队部提议给自己盖一间房。老郭找张队长商量给许灵均加盖新房的事，张队长决定开队委会讨论。七队召开队委会，张队长表示，李秀芝眼看要生孩子，房子的问题确实应该尽快解决，老郭和梁大嗓积极附议，老白干却表示队部没有木料给许灵均加盖房子。
叶功正、曹守义和各生产队队长开会，叶功正强调马上迎来农场成立十二周年，要举行文艺汇演，张队长请缨，建议将汇演场地定在七队。叶功正决定，七队负责舞台搭建，并表示舞台建好后剩下的物料可以留下。许灵均、何琳、老郭、老梅等围坐在一起，商量如何拿出文艺汇演的节目。许灵均提议把七队学生和队里的文艺骨干结合起来，老梅建议搞一个配乐诗朗诵，许灵均脱口说出《海燕》。
孙见利和谢狗来偷偷拉回木料帮许灵均盖房子，却又被老白干搅和，李秀芝情急之下早产了。老白干一口咬定是许灵均唆使孙见利和谢狗来偷盗公共木料，许灵均据理力争，老白干被辩驳得哑口无言。秀芝妈妈还是决定将女儿带回四川，李秀芝心里放不下许灵均，依依不舍。
许灵均跟随老梅来到山谷之中，在一块巨大的岩石上发现一幅岩画，许灵均被图案吸引住了，他感到一种希望的力量。许灵均找老梅倾诉，老梅告诉他，自己在掏粪的时候，一直背诵当年的学术论文，他鼓励许灵均，不要轻言放弃，不要忘记读书人的使命。
许灵均拿着一筐野蘑菇送给何琳，何琳转手将蘑菇给了钱有为，可这筐蘑菇最后却到了老白干手上。老白干一边喝酒一边吃蘑菇，结果导致了中毒。老白干把食物中毒上升为一次恶性破坏事件，以许灵均谋害革命干部为由，要将他抓了起来。何琳为了证明许灵均的清白，当众吃下蘑菇，钱有为明白，何琳已经爱上了许灵均。
何琳与许灵均探讨艺术和理想，相谈甚欢，许灵均给何琳取笔名贺兰雪，何琳非常欣喜。此时，老白干和董常胜突然闯入。队部内，面对着被“捉奸”的许灵均和何琳，郭谝子怒火中烧，上前狠狠抽了许灵均一记耳光。许灵均据理力争，说自己与何琳是清白的。但老白干坚持认为男女作风问题是革命斗争要抓的头等大事，必须押送场部处理。
张队长宣布对许灵均和何琳的处分决定：进行为期一个月的劳动改造，在大街上捡马粪。许灵均在街上捡粪，钱有为挑衅，用铲子弄伤许灵均。何琳厉声喝退钱有为，李秀芝此时突然出现。李秀芝带着何琳登上烽火台，讲述她来七队的经过，以及她和许灵均的情感。何琳终于明白许灵均离不开李秀芝，于是她找到钱有为，告诉他自己想回上海。
劳动期间，许灵均在渠上意外遇见了当年同在燕京大学当老师的胡子文，他乡遇故知，二人都喜出望外。许灵均告诉胡子文，他的学生赵静也在挑渠营地。胡子文和赵静当年有一段感情纠葛，他却为了能留校当老师，而抛弃赵静娶了校长的女儿。邮递员给赵静送来电报，胡子文看过电报才知道自己和赵静有一个孩子。
曹守义宣布安置政策，胡子文由于在北京没有亲属，将被就地安置。胡子文立刻当众表示自己和赵静有一个孩子在北京，还说许灵均能证明。赵静怒斥胡子文不是人，并告诉胡子文，自己早就告诉孩子，他的父亲已经死了。胡子文给赵静下跪求情，表示自己要回北京照顾孩子，赵静不予理睬。曹守义安排人手就此事秘密赴京调查。
赵静不堪重负选择逃跑，众人纷纷外出寻找。胡子文听说后，心有自责。郭谝子来报信，说老白干举报谢狗来和赵静私奔，许灵均十分气愤，他让姜文明在营地等着，等叶功正一回来就去说明情况，自己则带人向沙漠腹地前行，终于找到了体力不支的赵静。
农场出台新的政策，国家军队要实现现代化，军马基本就不需要了，农场各队可以根据自身情况进行创收。七队开全体大会，张队长宣布七队将成立副业队，孙见利信心满满，主动提出带头外出创收。队委决定认命孙见利为副业队长，孙见利提出要许灵均、谢狗来跟自己一起去。
当众人看到大大小小包扎整齐的钱倾倒在桌上时，难掩兴奋，张队长做主，按户平分，众人欢呼雀跃。李秀芝开心地数钱，许灵均却陷入沉思，既为自己能挣到钱而感到高兴，又为自己面对金钱产生的动摇而愧疚，李秀芝安慰他，说时代变了，好日子来了。
许灵均坐在收音机前，聚精会神地听着关于国家恢复高考的新闻。老梅走了进来，告诉他自己从北京回到银川工作的事情。许灵均激动地说，这次高考是千载难逢的好时机，想让孩子们回来参加高考，张队长让许灵均负责此事。
高考来临，许灵均带着学生们来到考场，鼓励打气后，孩子们鱼贯而入。老白干找许灵均来到酒馆，第一次向许灵均表达了谢意。1978年12月，许灵均撰写的文章在报纸上发表，李秀芝十分欣喜，许灵均也非常兴奋。
许灵均组织研究小组，讨论联产承包的课题，大家就生产资料分配、劳动力构成，以及制定制约鼓励机制等展开讨论。七队公布联产承包方案，举行生产资料分配大会。老白干想承包拖拉机，但遭到一部分人的反对。
许灵均告诉姜文明，自己要研究电影，姜文明表示认同。许灵均第一次近距离接触电影制作，对拍摄电影有了全方位认识。黄院长告诉许灵均，一个青年导演准备拍摄一部具有开创性意义的电影，许灵均希望他们能来七队和镇北堡拍摄。
许灵均组织七队众人开会，就电影剧组拍摄面临的具体问题寻求解决办法。许灵均提议，由老白干带着拖拉机负责剧组对外采购。众人觉得许灵均的提议不错，对能够挣补贴充满期待。何琳成为了许清的班主任，对于到了叛逆期的少女许清，何琳来到许家家访，要和许灵均、李秀芝一起解决许清的问题。
校方对许清做出留校查看处分，许清一气之下离开学校，独自一人回到月亮门，推开曾经在七队的家门，面对灰尘和蛛网，她爬进马槽，开始抽泣。许灵均也回到七队家中，却和许清发生争执。何琳讲述了自己和许灵均之前的种种过往，许清的心结慢慢打开。
许灵均接到侨办的电话，说他的父亲许景由近日将赴北京，希望能与他见面。许灵均来到北京，父亲的秘书宋小姐带他来到酒店套房，但许父并不在。许灵均看见房间的一束白玉兰，里面有父亲写的卡片，许灵均想起少时与父亲在自家白玉兰树下玩耍的情景，百感交集。许父表示想让许灵均去美国继承家业，许灵均并未回应。
许景由在许灵均的陪同下，带着大包小包回到家里。许景由初见到儿媳和孙女，异常高兴。席间，许景由提起想带许灵均一家去美国的想法，许清高兴不已，许灵均依旧没有表态，许灵均告诉李秀芝，自己不会跟父亲去美国，在七队生活多年，他深深地发现这块土地的价值。许景由又提出想带许清去美国留学的想法。许灵均表示，要征求李秀芝和许清自己的意见。
许灵均召集七队众人开会，说自己准备辞职，扎根七队，成立电影公司，和乡亲们一起靠文化致富，姜文明、谢狗来、郭谝子、梁大嗓、张队长都纷纷表示支持，许灵均分配任务，大家信心高涨。董常胜从南方回来，衣着光鲜，找到老白干，拿出一张图纸的复印件，说是贺兰石矿产开采图，告诉老白干发财的机会到了，并指出拿到开采许可证需要三万元钱，让老白干赶紧组织大家入股。
老白干带着张队长等人勘察地形，许灵均和孙见利赶到，拿出另一份批文，两份批文一模一样，老白干当场晕厥。许灵均当众表示，各家各户的损失自己来出，众人都吃惊不已。许灵均告诉大家，电影服务公司营业执照办下来了，以后大家一起干电影，共同发家致富。众人都感动不已，纷纷表示愿意跟随许灵均。
揭匾仪式开始，整个七队都喜气洋洋，许灵均向大家表示七队整体入股，每个人都是公司的股东。众人欢欣鼓舞，每个人对未来都充满希望。许灵均来到大学校园找姜文明，姜文明鼓励许灵均写一本书，许灵均告诉姜文明其实自己想了很多年，但书名没有想好。许灵均和姜文明看着远去的马车，看着连绵的贺兰山，姜文明突发灵感，建议许灵均给书起名《灵与肉》。
