在送别迈克尔葬礼的七年后，故事中主人公的命运发生了截然不同的变化：哥哥林肯重操旧业陷入生活的困境，遗孀莎拉改嫁后拥有了幸福平静的生活。曾经最具威胁的大魔头T-bag提前出狱，试图重新做人。一封重要的匿名信让T-bag走上自我救赎之路，信件显示迈克儿并未死亡而是被关押在某处小岛上。T-bag将信交给了林肯。林肯将消息告诉了莎拉，并在前狱友的帮助下不可思议的找到了死而复生的弟弟迈克尔。然而，最戏剧性的
剧情以林肯、莎拉和迈克尔三个视点叙事展开，张弛有度，情节丰盈。林肯收到一张来自迈克尔的纸条，在战火纷飞的也门寻找信息背后的秘密。莎拉接到林肯发来的录有迈克尔影像的手机视频，开始调查迈克尔还活着的证据。迈克尔运用智慧，给远在地球另一端的儿子送去了小纸鸭——剧情张力一触即发：“藏好躲好，暴风雨即将来临。”
那个随手抄起个家伙就能当越狱武器，明明可以靠脸却天生高智商的迈克尔终于回来了！他巧妙地将越狱的重要信息传达给林肯， 冷静地安抚即将同行的狱友，万事俱备只待灯黑行动。与此同时，远在美国的萨拉正绞尽脑汁地应对一伙秘密特工的入侵，而监视她的是一个像幽灵一样神秘的人物（波塞冬）。水深火热的Ogygia监狱一阵骚动，一门心思策划当夜越狱的迈克尔陷入了麻烦，他不得不连同罪大恶极的ISIL头目拉马尔一并脱逃。在
城市炮火连天，ISIL恐怖组织攻破城池，令整个监狱陷入恐慌之中。迈克尔收起失落情绪，快速着手早前预备的另一个逃脱计划。然而，屋漏偏逢连夜雨，拉马尔意外成为整个预备方案成功的关键因子。十万火急，事态严峻，迈克尔利用拉马尔成功脱逃。但老奸巨猾 的拉马尔设下埋伏将迈克尔重重包围，狱友维普抢夺先机杀死了拉马尔。所谓成也拉马尔，败也拉马尔。这一刺杀过程被手机录下并传播至网络，致使迈克尔同行陷入ISIL恐怖
T-bag为了帮助莎拉摆脱困境，竟然无心插柳地发现了幕后的大恶人波塞冬。他将这一切当面告诉了莎拉，证据显示波塞冬就是她最亲密的爱人雅各布。莎拉来不及恐慌，迅速回家带儿子逃离雅各布。但意想不到的是追杀莎拉的两名特工竟然被抓到了——原来，雅各布与杀手见面是想要收买他们，然后协助警方抓获二人。在ISIL组织密不透风的追捕下，迈克尔向哥哥道出了他与波塞冬的交易，他完全是出于对林肯和家人的爱才选择为他做事。
在与唯一能带大家逃离也门的飞机擦肩而过后，迈克尔承诺会想出新的办法。飞机飞过夜空的场景令人异常熟悉，它让人体验到当初观看这部剧的紧张、刺激和种种不确定的感觉，也是对首季片尾最美好的致敬。他们找到了奥马尔，为逃离ISIL魔爪寻得一线生机。但事情变得失控起来，先是与奥马尔不愉快的冲突，紧接着遭到ISIL不停地追杀。而且，不幸的是，不管逃到哪儿，无人飞机装置都能易如反掌地找到他们。在走投无路的情况下，狱
没有情节的冲突就没有真正的故事。短暂的宁静后迈克尔又深陷危机，他一度涉险穿越了沙漠。但因失血过多，随时都可能有生命危险。林肯一方面给莎拉打电话寻求帮助，一方面联系上前狱友苏克雷帮其偷渡。当莎拉空降来到迈克尔身边，他们的相遇恰逢时机，既引起观众强烈的情感共鸣，又揭开了一个惊人秘密。当真相抽丝剥茧显现后，迈克尔和波塞冬的颠覆对决一触即发。
迈克尔终于成功回到美国。维普按照迈克尔指示前往芝加哥，这个在无论多么可怕的环境里都能混得风生水起的男孩，完成了迈克尔复仇计划中重要的一环。与此同时，T-bag出现在维普面前，令人震惊的一幕戏剧性发生：维普竟然是T-bag失散多年的儿子，而迈克尔发现了这个秘密并安排了这一切。一切早已在迈克尔掌控中，当他选择与全世界对抗的时候，输的总会是后者。但是，离真相越近越具诱惑力，同时也越危险。最后一越，让我们
当对手犯错的时候，就是反击的最佳时机。波塞冬带走了迈克尔的儿子麦克，成功哄骗他莎拉已死，洗脑其与迈克尔反目成仇。波塞冬自信击败了迈克尔，心安理得地享受着胜利的快感。但是我们熟悉的那个最聪明的男人，心思缜密无窗不破的越狱大师，在最恰当的时机发动了致命的一击。他计划了七年就是要等一个机会，以其人之道还治其人之身。终极一战，暗度陈仓，高潮来的快速而直接，迈克尔扳倒波塞冬，故事戛然而止。
