一位叫作伊诺克的不知名外星男子，带领私人军队抓走于餐厅里等候的考森一行人，唯独将费兹留下来，将他们一行人静止后、透过一座白色巨石传送至一个地点未知的太空站中。众人于传送过程中失散，不知他们身在何处，并还在所在房间里找到一大堆被吸干的死尸。
考森试图向迪克问出他们的所在地时，却从迪克的一系列奇怪说词中，才发现他们所有人其实靠巨石穿越时空。梅和洁玛开维吉尔的拖曳宇宙船环绕这座大型太空站，不久后才发现她们已经身在地球轨道上；而完整的地球已经裂解成为一片凄凉地狱。“无家可归”的他们因对这座深入地球地底的堡垒“灯塔”（The Lighthouse）一无所知便只好跟从迪克，由另一名女居民泰丝的带领走入灯塔居民聚集的跳蚤市场。
考森他们每人手中安装上生物表后日夜不停地为格里尔工作，虽然渐渐融入环境，但很快便对格里尔的粗暴态度难以忍受。而格里尔同样开始怀疑考森等人的到来，便派遣副手塞夫监视他们。考森决定借由即将执行的外星采收任务来前往维吉尔笔记本上注明的地球碎石“616号”，但由于塞夫跟着他们前去而使考森的计划最终暴露。
黛西被卡塞尔斯作为最高规格的异人斗士竞买，但她结识同是异人的读心男子班，其为了保护家人而选择服从克里人命令。卡塞尔斯急切想知道神盾局从过去穿越至此之预言是否属实，认为除了黛西和洁玛之外还有其他人，但所幸班用他隐瞒的灌输想法之异能，让黛西和洁玛的说词一致才让卡塞尔斯暂时相信她们。班同时探听到卡塞尔斯达到目的后将会遗弃人类、并摧毁地球的真正目的后，决定不再忍气吞声而和黛西合作扳倒克里人势力。
当考森一行人从餐厅“消失”后，单独留下的费兹很快就被军方逮捕至军方基地“蓝鸦岭”（Blue Raven Ridge），针对行刺塔伯特以及梅斯局长与霍登身亡等等案件进行盘问。关押的六个月期间，费兹得到特殊优待而试图协助军方找出考森等人的下落，但始终未果而将面临终身监禁，直到他所寄出的读者邮件引起老伙伴兰斯·杭特注意。
克里守望者准备对灯塔孩子们进行一次未安排的异人转换仪式，泰丝的好友佛林特成为其中一员。在泰瑞根迷雾中，只有佛林特一人转换成为异人，埃琳娜不想让他落入克里人之手，在他脱离石化过程的一瞬间将他迅速转移至工作室而消失。克里人开始翻遍所有居民楼层寻找他的下落，而泰丝因为被怀疑窝藏他而成为牺牲者之一，遗体还被挂起来示众。
Kasius和哥哥的矛盾日益激化，最终反目成仇；Flint自感愧疚前去找克里人复仇，反被抓，好在迅速被Daisy等人救援。Fitz告诉Mack自己把武器都暗藏在第三层（Roach横行的地方）；除了Mack和Yoyo一起和Flint暂且先留下寻找神盾局的武器外，其余人到达表面乘矿船离去。
考森、黛西、费兹、洁玛和迪克于拖曳船迫降幸存后，跑到和风一号上和梅会合，于飞机中遇见由多数幸存者组成的忠实信徒，当中有迪克父亲的老朋友山缪·沃斯，以及她们所信奉的先知萝??。与此同时，在灯塔内部，卡塞尔斯为了逼出反抗者而决定靠杀鸡儆猴，通过引所有在第三层活动的蟑螂群通过电梯跑到下层居民区屠杀居民。
内哄结束后，考森等人遭遇持续恶化的重力风暴，将会把和风一号扯个粉碎，沃斯等其他信徒被疏散至地底洞穴躲避。梅供述佛林特能够利用其控石能力将白色巨石组合完成，让他们成功回到过去阻止世界毁灭，但黛西开始对自己将会造成的灭顶之灾感到恐惧。
考森等人返回灯塔内部，仅除伊诺克留在飞机上确保时间穿梭仪器能及时运用，众人合作将泰丝等所有人类居民救离至拖曳船上远离，包括被克里人看管的异人与其他囚犯。卡塞尔斯寻获瑟娜拉的尸体后勃然大怒，用一种能够给人提供短暂强悍能力的黑色液体“憎恶之液”（Odium）感染他的训练官泰伊，使他陷入疯狂而伏击考森和黛西。
主角一行人通过巨石穿越回还安好的地球，在灯塔里还有另一永生人等待着他们，他们发现了疑似前文提到的世界末日来临前的一束光，于是动身前往一探究竟并努力阻止末日来临。还有一个令人惊喜的人也出现在了地球上......
发射器爆炸，产生了“恐惧裂缝”，自知时日不多的寇森主动要求去修复裂缝，同时寇森安排迪克出去邀请神盾局旧友前来参加科学宝宝婚礼。
费兹表示急需更多重力??来维持裂缝封闭，考森于是率队寻找“原则号”：一艘赛博科技企业名下的运输船，其在运送先前被伊恩·奎恩夺走的大型重力??渡海途中于雷暴中神秘失踪。为了寻找前赛博科技职员，考森等人找上一向负责帮人建立新身份的东尼·凯恩，其曾经是麦克的神盾局学院室友，通过他提供的几个前职员，一直没问出船的所在地。
由于恐惧维度即将再次打开，加上无法将刚获取的重力??放置入新仪器，费兹开始陷入焦躁、彻夜不眠地思考解决方案，而在框架世界中的的邪恶费兹则以恐惧化身的方式出现在他面前。两个费兹以这场危机的解决方案发生争论，而邪恶费兹则先下手为强，重启从原则号上带回来的机械士兵袭击医疗站的麦克和埃琳娜，并抓走独身在地下的黛西去做手术，打算取出她头部上的抑制器来恢复其异能，以此来解决面对的重力??问题。
1990年，少女时期的海尔于蓝鸦岭基地的九头蛇秘密学院中以第一名成绩毕业，除了跟她同期毕业的贾斯伯·西德维尔和沃夫冈·冯·史特拉克被分派到各个地点服务以外，她被丹尼尔·怀特霍分配到美国空军卧底，同时被选中执行人工受精而怀上女儿露比作为九头蛇的未来领袖。如今，塔伯特虽然从昏迷中清醒，但因丧失情绪控制而导致其家人全部远离他。
海尔持续寻找粒子注入舱的过程中，意图用克瑞尔作为先行实验对象，对此不满的露比怀疑克瑞尔会霸占她梦想的一切，于是和沃纳密谋并寻找更多答案。当克瑞尔和重力??短暂进行身体接触后，脑中开始浮现富兰克林·霍尔的记忆以及其对考森的憎恨，克瑞尔去找考森对峙时得知塔伯特也被拘禁于此后，才暂时跟考森合作解救出塔伯特。
露比为了让母亲改变对她的看法，独自通过转移仪器来到考森和塔伯特所在的雪山地区并追上他们，所幸黛西带人及时赶来将他们救走。黛西独自对抗梦想能击败她的露比，留下来支援她的迪克却因此中枪伤，让她们搭机撤回灯塔。伤势严重的迪克因为性命不保，麦克和派珀合作进行紧急治疗才使迪克稳定，而迪克在神志不清的情况下说出他其实喜欢黛西。
海尔从克瑞尔口中得知困于重力??里的霍尔和奎恩，意识到女儿在玩火自焚。这时，黛西和梅刚好攻入她的基地，海尔带头对黛西和梅投降后，希望她们能协助自己去拯救露比。另一边，费兹和洁玛修零件时想尽办法拖延时间，但露比开始用严刑来强制他们修复完重要零件后，不听劝阻并迫不及待地进入注入舱，开始将重力??注入她的身体里。
神盾局将剩余的重力??和注入舱带回灯塔后，因为针对埃琳娜杀死露比的残忍举动而内杠四起，一心想改变未来的埃琳娜，始终认为她杀生是正确之举。但不久，、塔伯特受操纵时曾经用主电脑泄漏出灯塔所在方位，夸瓦斯驾驶大型外星舰船停在灯塔正上方准备发动围攻，考森跟随史托纳将军的影像指令，让整座灯塔启动预防核战争的长达十五年之全面封锁程序。
塔伯特协同著考森搭上联盟星舰，原本让夸瓦斯感到不满，但塔伯特展示他刚获得的强大重力操纵之能力并杀死一个士兵后，才让夸瓦斯带头跪地投降。在考森的提议下，塔伯特跟随夸瓦斯会见他在内的联盟六大领袖，由于没人肯让人类加入联盟，塔伯特杀死其中一位领袖后获得当中的克里人领袖塔瑞恩之尊敬，其身为卡塞尔斯的父亲。塔瑞恩告知说地球另一处正在遭受泰坦霸王萨诺斯等党羽的大举入侵，因此提议塔伯特去寻找并吸收藏于地表下的未
黛西被以精神控制的方式在联盟会面地点跟塔瑞恩会谈，因为受头部抑制器影响而无法使用能力，黛西最后拒绝跟随塔瑞恩后突破抑制器并在现实清醒，救出考森、梅和独自前来营救的迪克。考森和梅互相表示爱意后兵分两路，黛西带考森回和风一号上撤离，梅带着接触过外星数字的迪克到驾驶室，改写星舰导弹系统将目标设为船体本身。
神盾局对于是否拯救考森性命再次引发争议，不惜一切想挽救考森的梅，自行摔碎攻克塔伯特所用的憎恶之液。迪克在灯塔里帮忙堆积若引发末日所需的物资时，建议黛西靠联合队伍来解决纷争。
