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在回瓦肯星的途中，发现号收到一个紧急讯号来自 进取号。舰长派克紧急指挥了发现号，并解释 进取号原本任务是去调查七个神秘的讯号。但其中有一个讯号，在发现号去到该处时就消失了。
伯纳姆与派克舰长对质史波克最后一条记录时，她知道了史波克自己要求去精神病院并不让星际舰队去通知他的家人。发现号侦测到另一个讯号，并用孢子驱动系统跳到去Beta像限，发现一个未知但有人类的星球。
史波克的母亲Amanda Grayson 登上了发现号，并带了一些她从精神病院偷来有关史波克的记录。当发现到史波克杀害了三个医生后，派克舰长立即指示伯纳姆去解密所有偷来的档案。
一个有智慧小行星大的球型生命突然将发现号从曲速拉出并令她动弹不能。船员皆推测该球体是友好的，以及收集了大星有关整个银河系的历史。但是，该球题却激发了萨鲁的 Vahar'ai（一种Kelpiens人临死会出现的情况）。
当斯塔麦与伯纳姆认为提利被带入去菌状网络时，发现号找到了史波克的航天飞机。但机上只有乔吉欧。31区的领导人 Leland 派了泰勒在发现号上作联络人。 提利同一时间与May困在菌状网络。
又有另一神秘的讯号引导发现号去萨鲁的母星。萨鲁与伯纳姆两个传送到地面并遇到了萨鲁的祭司妹妹 Siranna。巴伍人（Ba'ul）很快就发现他们，并要求他们尽快返回他们的船舰。巴伍人要求派克舰长交回萨鲁，但他拒绝了。
在上集Kaminar星球找寻红色天使的讯号时，发现号遇到一个时间奇异点。派克舰长与泰勒驶近调查该奇异点，差点丧命。 同一时间, 伯纳姆在瓦肯星上找到史波克并带他去31区的船上。
伯纳姆与史波克飞到塔罗斯四号星（Talos IV）。伯纳姆请求当地人去治疗他的心智，但代价是伯纳姆要再次面对她以前与史波克之间的矛盾。史波克透露出原来他曾与红色天使心理融合，并知道红色天使想改变历史，去避免整个星系大灭绝。
康赖克尔上将加入派发现号并审问史波克，并展示一段史波克杀了三个人的短片。伯纳姆与史波克则试图搞清楚红天使为何锁定他为目标，但最后却争论不下。发现号去到一个废弃的殖民地，其实该地是31区的总部，也是前集将讯息要传到的目的地。
Airiam的葬礼举行了。媞娜发现了艾里亚姆大脑中的隐藏代码，表明未来版本的伯纳姆实际上就是红天使。
多年前，当伯纳姆家的实验室被克林贡人袭击时，迈克尔的母亲穿上了时间旅行服，想回到一小时前，警告他们这次袭击。然而，她来到950年后的未来，发现所有有知觉的生命都被控制中心摧毁了。
一个新的信号出现在Boreth上空，这是一个对克林贡人来说很神圣的地方，那里有一个克林贡修道院，僧侣们在那里守护着时间晶体。泰勒和L'Rell将他们的儿子交给这些僧侣抚养。
发现者号逃出后与企业号会合，发现者号被疏散到另一艘星舰上。在那里，他们启动了自毁程序，但球体数据控制了发现者号的系统，阻止了这种情况的发生。
泰勒调回克林贡舰队协助作战，而西拉娜在收到萨鲁的告别信息后带着巴乌尔战机赶到。斯塔米茨受了重伤，被库尔伯照顾着。一枚31号分部的鱼雷穿透了企业号，但没有引爆，但二次引爆在封锁了周围区域后杀死了科威尔。
