艾伦怀着“一定要将巨人驱除”的梦想升入了中学，却没想到刚开学就迟到。他和青梅竹马的三笠在上学路上疾驰，途中不断遇到突发状况，艾伦和其他小伙伴接连发生了亲密的肢体接触。大家终于来到传说中的进击中学，开学典礼近在眼前了。但艾伦并不知道，这所学校有着人类决不能违抗巨人的校规。
春天到了，天气暖和起来，但怕冷的爱尔敏还是窝在家里。基斯老师给艾伦他们下达了新任务，必须在明天之前把爱尔敏的社团申请表收回来，否则就把他们几个随便找个社团塞进去。艾伦和三笠带着肉包子去找爱尔敏，半路遇到了抢夺肉包子的巨人，关键时刻神秘前辈出场。
大家都认为喜欢吃芝士汉堡真是太幼稚了，亚妮只好抑制住自己对汉堡的渴望，将怨念转移到了艾伦身上，发誓要在明天的躲避球大赛上战胜艾伦。第二天，艾伦竟然睡过头了，为了掩盖艾伦逃课的事实，大家只能硬着头皮上了。亚妮用艾伦缺席的事威胁三笠他们，艾伦能否及时到场。
艾伦与小伙伴加入清洁墙壁社，没想到清洁墙壁社的社员只有社长黎各一个人，社团的传承就寄托在艾伦他们身上了，他们的第一项任务就是擦拭全校所有的窗户。而在这里，他们竟然进行了立体机动装置的训练，一腔热血的艾伦想要掌握机动装置对抗巨人，但是只有他无法驾驭机动装置。
考试结果公布，爱尔敏考了一百分，萨沙完美避开正确答案，所有科目都考了不及格。如果补考还是不及格的话，萨沙就没有饭吃了。为了避免补考再亮红灯，萨沙向学霸爱尔敏求助，两人展开放学后恶补。三笠、艾伦和让前往调查部，一进门就看到欧鲁在自顾自怜，考试成绩真让人心烦啊。
放学后，让被秀恩爱的情侣们各种刺激，就在他灰心时，他发现自己的鞋柜里竟然有一封情书。第二天，让不仅做了夸张的发型，还喷起了香水。小鹿乱撞的让开始猜测情书的女主人，一番分析后他觉得周围的女生都有嫌疑。就在此时，亚妮突然出现，并约让放学一起回家。
巨人中学里流传着一条不成文的规定，一年级生不能在小卖部买面包，对此吃货萨沙心痛不已。不光是这样，在社团活动中一年级也总是被高年级各种教训，最终高年级和一年级展开体育对抗赛，输的一方要去打扫巨人校舍。第一项比赛是吃面包，萨沙能赢得开门红吗？
为了加深一年级与高年级的羁绊，高年级决定举办试胆大会。大家来到深夜的校舍，尽管嘴上说着不怕，但艾伦和小伙伴们都被吓得各种颜艺，只有三笠全程面瘫脸。如果看到了七大不可思议的所有谜团，就会被诅咒而变得不幸。诡异事件接二连三袭来，艾伦他们能活着走出学校吗？
夏季庆典马上就要到了，莱纳想约赫里斯塔一起去，为了拉上贝尔托特作陪，莱纳蛊惑贝尔托特邀请亚妮。内向害羞的贝尔托特终于约到了亚妮，听闻此事的艾伦等人也吵着要一起去。多余的人一个接一个跟来了，贝尔托特的告白行动还能成功吗？夏日的青春恋爱大戏即将开演。
新闻社揭露了学生会的丑事，于是巨人中学要选举新一届学生会长。让和艾伦都想参选，爱尔敏帮艾伦制作宣传海报，但海报的风格却是毕加索抽象派。民意调查结果出炉，让和艾伦的支持率竟然都是0%。就在他们沮丧时，利威尔告诉他们逆转的方法，想当上学生会长，就一定要拿到新闻社的笔记本。
文化祭到了，所有的模拟店都要参加美食大会，艾伦他们决定做芝士汉堡，与去年的优胜组小锅饭一决胜负。为了招揽客人，爱尔敏牺牲色相，变身兔女郎看板娘。为了支持心爱的赫里斯塔，莱纳吃了一份又一份蛋包饭。芝士汉堡大受欢迎，与小锅饭不相上下，双方同时拿出杀手锏料理，没想到饭香味引来了大麻烦……
文化祭被巨人搞砸了，艾伦的芝士堡店铺被巨人抢走，冒着违反校规的风险，艾伦决意要从巨人手中夺回芝士堡。大家团结一心，攻入巨人教学楼，来到藏着芝士堡的校长室。大家装备上立体机动装置，与巨人们展开最终对决。没想到最强巨人突然来袭，他的目标正是芝士堡……
