竹田启司在等着同校的学妹兼恋人宫下藤花。但是过了约定的时间她没有现身，也联系不上。天也开始黑了，竹田放弃等待准备回家，一个步履蹒跚并流着泪的男人出现在他的眼前。那人不管怎么看都不像是正常人，在周围的人们，包括竹田自己都假装事不关己的时候，一个不可思议的人赶来那个男人的身边。那是个身披大斗篷，戴着奇怪帽子的不可思议的人物。她和让竹田白等一场的宫下藤花长着一样的脸……
放学后，木下京子跟准备回去的末真和子说想一起回家。在河边道路上走的时候，京子胆怯地跟在末真的背后，并提议走别的路回去。末真单刀直入地问京子，“怕被人袭击杀掉吗”。当末真对沉默的京子说：“虽然我不清楚情况，但你想太多了”的时候，身穿骑手服的雾间凪来到了两人的身边。凪不容分说地抓住京子的手臂并将她摁在地上，用粗暴的语气说：“要不要我直接把你的手折了”。
田中志郎担心着消失了踪影的纸木城直子，向做风纪委员值日的新刻敬询问有没有看见她，然而却被回答道：“今天并没有看到”。对于说“会不会又翘课了”的敬，志郎直子告诉她最近直子有不得不来学校的理由。在那里听到对话的早乙女正美插嘴道：“行踪不明的话就去问问雾间凪好了”，并告诉他们：“直子和凪从初中开始就是朋友，她或许会知道些什么”。于是三人开始寻找凪……
在补习学校一边教美术，一边给学生们进行升学咨询的飞鸟井仁有着与生俱来的不可思议的能力。那就是能看见人心的缺陷。飞鸟井的眼睛能看到人们内心里的植物。无论是怎样的人也好，其植物的根和花等，必定会缺少什么。但是对于只能看到缺少的东西的飞鸟井别无他法，他能做到的只有用话语来弥补。一天，飞鸟井在下班回家的路上，遇到了一个自称幻想者的少女·水乃星透子。
为了读日本的高中，雾间凪同父异母的弟弟谷口正树从海外回到日本。听从姐姐的建议，正树在学校尽量保持不太引人注目，然而某天，他被同级生们找茬。忽然一个少女在街道的巷子里对包围正树的同级生们打招呼。似乎要主动做正树的替身一样打算献身的这位少女名叫织机绮。正树以这次相遇为契机，逐渐缩小和织机的距离……
衣川琴絵来到了一起在补习学校学习的宫下藤花和末真和子的身边。由于木下京子曾经向末真讨论过自己可能会被杀害的事情，得知此事的琴絵找末真，希望末真能拯救她的表哥飞鸟井仁。变得不再像以前一样烦恼，经常夜不归宿，衣服上还站上了血迹般的污渍，考虑过去找警察的琴絵，怕事情变大而犹豫不决。听了这番话后末真说这件事交给她来解决……
正树倾听了织机的愿望，穿戴黑色的帽子和斗篷，扮演着不吉波普。自从让织机做诱饵，开始效仿惩治坏人的正义伙伴，已经过去两周了，但正树至今还未清楚织机的本意。“不能一直这样吧”正树对织机说道，而织机却回答道“你有什么想要我做的话可以告诉我”。对于这样的织机，正树按耐不住地说：“那么再扮演不吉波普一段时间吧”……
衣川琴絵之前来找末真和子商量飞鸟井仁的事情，然而她最近突然发生变化的事被末真察觉到了。末真有和衣川直接见面的印象，对于衣川发生改变这件事，有着无论如何也抹不掉的违和感。为了查明真相，她决定去见飞鸟井。“你是不是真的知道衣川变了的理由？”飞鸟井对于末真的提问不为所动，并开始淡淡地讲起自己的目的。
“至今为止你到底都看到了什么？”正树得知了织机隐藏的真相后，那份后悔在内心中挥之不去，于是他开始拼命寻找她的行踪。正树好不容易才打通了电话，并告诉织机自己想成为她的力量，然而织机拒绝了他。由于互相为对方着想，所以两人无法走在一块。但是，无论怎么说也无法放弃的正树依靠电话传来的声音，到达了织机被囚禁的地方——建设中的佩斯利游乐园，然而……
做私家侦探的黒田慎平的真实身份，是被名为统合机构的巨大秘密组织所创造的合成人·稻草人。他的任务是MPLS搜索。MPLS是拥有超越人类的能力的存在。同样是合成人的鸽子带着任务来到了黑田的身边。其任务是调查以绝代实业家而闻名的寺月恭一郎的周围。对于已经做了几次的任务，黑田一边抱着疑问，一边开始调查寺月，他盯上了寺月曾经捐赠过的某家医院，然而……
所有的开端都是从那时开始。患上不治之症而住院的凪的病房里发现了装有药剂的安瓿。精神科医生来生真希子不断重复实验，得知了使用药物的人会获得如同不死之身般的惊奇的再生能力。对于可谓是宛如人类进化般的效果，来生犹豫着给患者使用会怎么样。此时，电视播放着发现了连续杀人事件的被害者的新闻。被害者已经增加至五人，犯人至今还没被逮捕……
雾间诚一收到了死亡预告的同时，还收到了别人的感谢。某个男人与雾间诚一的书相遇后，打算将一直隐藏的与生俱来的能力一点点公之于众，其结果是，他成为了社会之敌，在最后为了表示谢意而寄了一封信。对这封信感到在意的雾间诚一，拜托朋友榊原弦去调查，然后发现寄信人在寄信的第二天就死了，并且那个人还真的有着不可思议的能力。
凪为了和来生真希子战斗而做好了准备。已经不是人类的来生真希子一旦和凪打起来，恐怕凪会被杀死。摩·马达看见凪确实想挑起无谋的战斗，采取了至今为止的自己绝不可能选择的行动。另一方面，和来生真希子对峙的凪为了避免把医院作为战场，骑着自行车全力跑起来，然而她被来生真希子那压倒性的身体能力追了上来，并被摁倒在地。来生真希子一边殴打着凪，一边叫她感受恐惧……
靠一代就筑起了巨额财富，在各个领域里带来了巨大的贡献和进步的传说级创业家寺月恭一郎，在人生的最后留下了奇形怪状的建筑物·MOON TEMPLE。其参观活动一召开，就有许多人排着队焦急地等待入场。准备和宫下藤花见面的竹田启司、从补课学校拿申请书出来的新刻敬、曾经与纸木城直子约定过在MOON TEMPLE完成后一起来看的田中志郎，以及这个事件的关系者们都偶然齐聚在那里……
在MOON TEMPLE里响起了音乐，然后紧急卷帘门启动，似乎要把人们关起来一样，并且馆内变得昏暗。由于停电的昏暗，人们陷入了恐慌。但是一旦有人冷静下来，就发现自己来到了非MOON TEMPLE的另一个地方。每个人所在的地方都不一样，相同的是他们在继续着曾经经历过的过去。在那里有着自称歪曲王的存在，还对人说：“你渴望从内心消除的痛苦，必须反过来变成黄金”……
新刻敬和不吉波普来到了MOON TEMPLE里面。按照不吉波普所说的，世界确实面临着危机，但那究竟是个怎样的危机，尚未知晓。“只要打倒自称歪曲王的人就好了吗”敬如此问道，不吉波普回答道：“事态并没有这么简单，连是否要与歪曲王战斗也不知道”。此时敬的肚子无意间饿得直叫，对此不吉波普拿出可爱的便当给她，说：“空腹会扰乱神经”。
羽原健太郎和田中志郎一起发现了好像能通往地下的入口，并来到了那个地方。但是，道元咲子倒在了入口上方。羽原和志郎支开了醒过来的咲子，并前往了地下。那里是换气用的空间，似乎没有任何跟歪曲王有关的东西。突然入口的门关上了，他们听到了咲子的声音，“不管有什么目的都不会让你们妨碍歪曲王的”。入口的门被紧紧关上，他们没有了退路。然后又有什么关闭的声音在回响……
屏幕上出现的寺月恭一郎道出了事实。他说MOON TEMPLE里所发生的现象是在寺月和歪曲王的合作下的产物，并称赞了创造这个舞台的歪曲王。然后来到最上层的新刻敬和不吉波普一起，与歪曲王的本体对峙。看到终于现身的歪曲王的正体，不吉波普理解了他为什么了解自己。歪曲王告诉他们：“这终究是个实验，本来就没打算伤害谁”……
