第3集剧情
“奸细”陷害而被捉 达芬奇找寻恶魔来源
利拉奥来到一个老方，里面关着一个神秘的人里面的人会说阿姆哈拉语，而且是教会利拉奥下棋的人，在这场棋局之中卢奎西娅、达芬奇这些人都是一枚枚棋子，在不同的地方都显示着不同的作用。卢奎西娅在利用自己在这个城市的关系悄悄的传递着秘密，并且还跟洛伦佐悄悄约会着，这一切洛伦佐的夫人都知道。克拉丽丝跟洛伦佐谈了很多可以允许洛伦佐出去消遣找情人但是他要回到她的身边，仅此而已，同时克拉丽丝也告诉卢奎西娅洛伦佐可以找她但是她不能成为他的弱点，面对这场出轨门，意外的克拉丽丝很是平静且冷静，因为她爱洛伦佐。可是，卢奎西娅怕自己卧底的身份被曝光决定把所有怀疑的矛头指向克拉丽丝，可是她却把所有的东西藏在了里奇家里成功陷害里奇入狱。
达芬奇一直在考虑着钥匙的秘密并且同时加紧施工制造出更多的大炮，但是大炮在制造过程中因节省硫磺而制造出一堆质量底下的大炮，达芬奇下令全部重新制造。
圣安东尼修道院的修女被“恶魔”附体，不仅自残还跟疯了一般死状非常恐怖，无一例外这些修女都说是因为美第奇家族触怒神灵。尼克赶紧跑到达芬奇这里告诉他温妮莎已经去到圣安东尼修道院了让他去救温妮莎，可是达芬奇只沉醉于找寻《叶之书》的出处。洛伦佐娶了克拉丽丝来缓解罗马的危机，可是他的手下怀疑内奸是克拉丽丝，但是洛伦佐坚信克拉丽丝不会这样做的，虽然没有爱情但是却给了她最起码的信任。越来越多的修女被“恶魔”附体陷入疯狂，朱利亚诺受托进行调查可是毫无章法并意外杀了一个修女。
达芬奇心里不是不在乎朋友他也来到圣安东尼修道院来找温妮莎，可是这时候温妮莎也被“恶魔”附体危在旦夕。这时候罗马莫邱利教主也就是梵蒂冈密卷的保管者卢坡·莫邱利来到修道院进行驱魔仪式，所谓的驱魔仪式原来就是处死这些修女。达芬奇终于发现，原来很多修女和虔诚的人士都有亲吻神像脚的习惯，达芬奇利用萤火虫发现罪魁祸首都是红麦角菌，在千钧一发之际找出药方解救了这些人，因为他也受到了细菌的感染。
达芬奇一夜见发明石榴炸弹吓走利拉奥
卢奎西娅一直在魅惑着达芬奇，可是达芬奇始终都不是那么容易掌控的，卢奎西娅也不能确定达芬奇在想着什么。教皇想要切断美第奇家族的资金来源，进行了一场惨为人寰的大屠杀，进攻了美第奇家族的矿场。
朱莉奥诺根本不相信从小看着他们长大的贝奇会是内奸，可是洛伦佐已经被这件事蒙蔽了双眼，对贝奇要处以极刑，根本就什么听不进去，贝奇告诉朱莉奥诺叛徒就在他们中间，把找寻叛徒的重任交托给朱莉奥诺。
利拉奥来找洛伦佐谈判，交易内容有三点：任命弗朗切斯科·萨尔维亚蒂为比萨大教主；美第奇家族免除罗马教皇的一切债务；还有罢黜一些工程师的职务包括达芬奇在内。利拉奥已经知道他们有十架管抢，利拉奥也找出了破解这大炮的方法，佛罗伦萨又陷入岌岌可危的境界。罗马的佣兵就要攻过来了，达芬奇还在思考着雕像钥匙的问题，这让他的朋友们都很是担心。达芬奇有时候在想，大炮会毁了所有的建筑，毁了所有的家园，当初被大炮打死的惨状都让达芬奇噩梦连连，达芬奇毁了大炮的制造坊。大部分人都不谅解也不支持达芬奇觉得他正把佛罗伦萨变成蛾摩拉，打开了通向地狱之火的道路，还要拖上所有人陪葬达芬奇也在受着内心的折磨痛苦不堪，他也不想这座城池毁在自己手里，明早，会因为他洛伦佐不得不向罗马投降。洛伦佐也非常着急找来达芬奇理论，情急之下，拿起一个石榴砸向达芬奇，达芬奇通过石榴的原理研究出来一个模拟出石榴的炸弹，剑拔弩张之际利用假的炸弹成功吓走利拉奥，并告诉洛伦佐我们要努力原谅自己的敌人，不能制造出大屠杀，这也是洛伦佐父亲所期望的。洛伦佐心里有所动容，来到监狱里想见见贝奇，可是卢奎西娅先他一步来到监狱找到贝奇，她不想看到贝奇受刑换句话说他也是在杀人灭口，结果贝奇还是死了。
在达芬奇庆功宴上，达芬奇发现美第奇家族法师的画像，突然明白到美第奇家族就是密特拉之子，一切疑问开始窥见其轮廓，他想让美第奇赞助他进行一次冒险激动不已。就在庆功宴上，达芬奇在滔滔不绝讲述探索的建议时，纳扎雷诺突然闯进逮捕了达芬奇逮捕罪名是鸡奸，这让达芬奇和洛伦佐都束手无策。
