隐居在第一平行宇宙地球的玄易子，一直以来都守护着一把关乎七大平行宇宙存亡的钥匙，十万年来都相安无事。但他万万没有想到，就在今天，冥王座下四大护法之首，七大平行宇宙最强的战士狮王已经率领着狮族战舰群穿越时空来到地球，他正是来取回这把钥匙。看似风平浪静的地球，其实正在酝酿着一场腥风血雨的大战。但地球中的两位普通中学生火麟飞和胖墩，还丝毫没有察觉到危险正一步步在靠近他们，他们还在忘情的追求着一位偶遇的妙
天羽带着火麟飞和胖墩逃到了玄易子的隐居之地，原来天羽是玄易子的徒弟，而且还是一位维护宇宙和平的超兽战士。她与火麟飞和胖墩的偶遇，其实也是天羽精心安排的，目的是为了招募他们加入超兽战队一起对抗冥王，因为他们在十万年前也是超兽战士。但火麟飞和胖墩对于这突如其来的一切既怀疑又抗拒，此时此刻他们只想离开这里，回到自己平静的生活之中。
为了保护这把钥匙，天羽奋力抵抗冥界战士，但被金狮连败，玄易子和狮王比拼异能量打成平手，狮王为了尽快拿回玄冥之匙，召唤出巨大无比的超兽，将天羽擒住，威胁玄易子交出玄冥之匙。危难之际，火麟飞挺身而出，拿出玄冥之匙来交换天羽的性命。狮王见到火麟飞后大吃一惊，从狮王的言语中看得出狮王是认识火麟飞的，他还把一个异能锁交给火麟飞，这一切让火麟飞完全摸不着头脑，正想询问清楚时，狮王已经带着玄冥之匙离开了，留下了
火麟飞有太多的谜团需要玄易子解答，于是玄易子一一告诉他，最后说到玄冥之匙，火麟飞终于明白玄冥之匙的重要性。但现在玄冥之匙已落入狮王手中，这昭示着冥王很快就会复活，七大平行宇宙很快就会被黑暗吞噬。如今，玄易子唯一能做的就是尽快集结各大平行宇宙的超兽战士，一起前往冥界阻止冥王复活。火麟飞和胖墩也决定加入超兽战队一起阻止冥王复活。
玄易子启动玄武号飞船，迎战由金狮、银狮率领的战舰群。火麟飞和天羽驾驶着闪驰外出作战，而胖墩则留在飞船内跟玄易子学习操作玄武号。银狮情愿死战，用生命来换取胜利的机会，在战舰外连败火麟飞和天羽，火麟飞完全不是对手。火麟飞最终在玄易子的指点下，发动了绝招和银狮进行最后的对决，银狮因为补充异能量过高而爆炸，火麟飞等人侥幸逃过一劫。但大战才刚刚开始，因为狮王已经解开了玄冥之棺的封印，冥王在七天后将会复活，同
面对这空前艰巨的困难，火麟飞和天羽尝试召唤超兽，可惜他们异能量太弱，最后都以失败告终。面对巨大的威胁，玄易子临危不乱发出绝招——元空灭，将自己与冥界的战舰群一起封印在元空间中。火麟飞等人得以脱险。火麟飞继续前往冥界阻止冥王复活。他们即将进入第二平行宇宙。
为了阻击超兽战士，狮王命令蝎子王前往第二平行宇宙拦截玄武号。龙戬和师兄战龙比武，打败了战龙，获得了代表龙族最高荣誉的异能锁。与此同时，火麟飞等人也到达了第二平行宇宙，他们刚一降落就受到青龙族最强斗士龙戬的攻击，双方一番打斗过后，城内充满血腥味，一道光柱直飞上天...
龙戬等人急忙回城，这时龙戬才发现自己的师父剑龙已经被蝎子王杀害。天羽不慎被蝎子王的毒尾刺伤。于是龙戬和火麟飞一起联手对抗蝎子王。蝎子王召唤出超兽，火麟飞和龙戬想尝试召唤出超兽，但火麟飞一召唤超兽就全是烈火焚身，而龙戬则冰冷无比，在危机关头幸好胖墩驾驶着玄武号救了他们。
火麟飞龙戬赶回龙城援救天羽，异能量耗尽陷入重围，关键时刻龙戬出现，一起迎战蝎子王。奇怪的是蝎子王似乎认识龙戬，但龙戬却没有理会她，二话不说大打出手。但被打的大败。倒地晕厥的二人异能量融到一起，冰火消融，二人成功召唤超兽。
幻麟神和龙战神一起联手迎战蝎王超兽，大战异常激烈，战斗中，蝎子王再次怀疑龙戬的身份，于是询问他是否在10万年前救过一个小女孩。原来在十万年前，蝎子王也是属于龙族世界的人，他的父亲就是白龙族推举出来的比武代表龙飞，当时白龙族和青龙族为争夺代表龙族最高荣誉的异能锁大赛而展开比武。龙飞和剑龙走上了比武台。最后的比武结果是龙飞胜出，但他却在擂台上死于非命，白龙族人及蝎子王误以为是剑龙蓄意下毒陷害。
蝎子王回忆往昔，心情澎湃不已，蝎王超兽越战越勇，火麟飞和龙戬渐渐不敌，超兽神二合体和蝎王超兽最终两败俱伤。蝎子王在临死前终于看到了龙戬的真面目，他确定龙戬就是在十万年前救过自己的黑衣人，这究竟又是怎么一回事呢？龙戬不得而知，他只知道血姬在化为烟云消散时，留下了一个异能锁，一个镶嵌着一只狰狞蝎子的异能锁。
超兽战队又加入一名新成员，他就是龙戬，于是他们一起前往第三平行宇宙。他们在这里遇见了一名备受鲸鲨族人欺负的奴隶——泰雷，其实他也是这个宇宙的超兽战士，但却毫无斗志，甘愿成为奴隶。火麟飞他们出手对抗鲸鲨族人，想为金象族人及泰雷争取自由，不料却遭到泰雷的无情拒绝，如此一来，不但连累了泰雷使他背上了造反之名，连他们也被视为追杀对象。
鲸鲨族人为了惩罚泰雷，决定将泰雷的族人活埋，泰雷为了拯救自己的族人，只好听命于鲸鲨族人的指示，调转枪头，反过来要去杀一心想拯救自己的火麟飞等人。火麟飞和龙戬感到很吃惊，他们想说服泰雷起兵造反，这时泰雷才说出曾经那段造反失败的惨痛经历。
鲸鲨族人知道泰雷下不了手杀火麟飞等人，于是他们派出了精锐部队想一举歼灭火麟飞和龙戬。火麟飞和龙戬拼抵抗，他们那份死不言败的精神深深感动了泰雷，于是泰雷也加入到他们的队伍中，三人一举将鲸鲨族的精锐部队打败。但就在这时，冥王座下四大护法之一的鲸鲨王出现，他还召唤出巨大无比的鲸鲨超兽，火麟飞和龙戬召唤出超兽神二合体来对抗。
火麟飞和龙戬的二合体与鲸鲨超兽激烈对决着，而泰雷则去拯救被活埋的族人，还呼吁族人起兵造反争取自由，于是奴隶们与鲸鲨士兵展开大战。另一边，超兽二合体渐渐不敌鲸鲨超兽，这时天羽找到了存在于鲸鲨超兽后背的弱点，由于异能量不足，攻击无效，反过来被鲸鲨超兽吸入黑洞中。众人以为天羽必死无疑，悲愤交加。但他们仍旧不敌鲸鲨超兽，就当火麟飞和龙戬要被吸入黑洞之际，突然天羽从黑洞冲出，还召唤出凤凰超兽。
天羽不仅在黑洞中没有死去，而且还学会了召唤超兽。如今超兽战队已有三大超兽了——麒麟超兽、青龙超兽和凤凰超兽，他们三人随即合体成超兽神三合体。尽管这样，但三合体最终还是不敌鲸鲨超兽的黑洞深渊。眼见三合体就要被吸进黑洞之际，泰雷的师傅将一个异能锁交给了泰雷，于是泰雷马上召唤出金象超兽，以孔武有力的一拳将鲸鲨超兽打入黑洞。众人以为得胜，但他们万万没有想到鲸鲨超兽很快就复活过来，而且异能量比之前更加强劲。
火麟飞等人逃回了飞船补充能量，众奴隶眼见超兽战队惨败，绝望不已，大家都觉得翻身无望了，于是纷纷倒戈又投靠回鲸鲨王，在鲸鲨王的指示下，他们甚至丧尽天良到将自己族人的长老、泰雷的师傅杀死。泰雷悲愤不已，立即出手挑战鲸鲨超兽，但很快惨败在鲸鲨超兽手下。就在这时，胖墩召唤出穿山甲超兽出现在鲸鲨超兽面前。其实胖墩根本就不是他的对手，他只是来拖延时间的，为火麟飞他们争取恢复能量的时间。
其实，鲸鲨王早就知道胖墩是来推延时间的，而且故意让他得逞，因为他根本没将火麟飞他们放在眼里。事实也是如此，三合体再加上金象超兽依然不敌鲸鲨超兽，根本原因就在于鲸鲨超兽可以随时随地的补充能量，因为这里是他的领地，换言之就是打不死。这时，大家突然想起了鲸鲨超兽后背的弱点。于是他们开始调整作战策略，最终，鲸鲨超兽被金象超兽的奔雷诀击中弱点，惨死在沙漠中。
就在火麟飞等人要动身前往第四平行宇宙时，一群不明来历的士兵前来攻击他们，火麟飞等人奋力抵抗，原来这群士兵是来自冥王军团中的云蝠战队，他们不仅训练有素军纪严明，而且连普通士兵也能召唤蝙蝠超兽。火麟飞他们也召唤出超兽来抵抗，但由于蝙蝠超兽注重配合，战斗机惊人，火麟飞等人被连续打败。就在最危机的时刻，泰雷决定加入超兽战队，一起讨伐冥王。众人大喜，准备进行四合体，对抗大敌。
超兽神四合体终于出现，四合体正要大展身手时，蝙蝠军团却列出一个攻击力十足的阵型——云蝠阵对抗。四合体被云蝠阵连连击退。火麟飞他们开始意识到，与云蝠阵硬碰硬绝对不是对手，于是他们想到逐一击破的方法。攻击他们阵型的某一点，再逐渐瓦解他们的阵型。这个策略果然奏效，最终将这些蝙蝠超兽全部打败。这一战，让火麟飞他们意识到云蝠军团的可怕，但他们毅然前往第四平行宇宙。
玄武号飞船一降落到第四宇宙，立即被云蝠战士重重包围，由于这里存在着极强的磁场干扰，火麟飞他们一时间无法召唤出超兽，需要胖墩进行调度。这时云蝠军团的副将夜枭子出现，他一出现就立即召唤出蝙蝠超兽，他本以为三两下功夫就能将他们解决掉，结果却被火麟飞他们反攻回去。夜枭子恼羞成怒，命令云蝠战士一起上。但就在这时，冥王座下四大护法之一、云蝠军团首领夜凌云出现，他喝斥夜枭子很丢人，并对超兽战士采取了思想上的攻势
夜凌云愿意给超兽战士一次公平决斗的机会，每一次决斗都是以一对一的形式展开。先是对决泰雷，但泰雷惨败。然后是龙戬上场，龙戬凭借从容的作战境界，夜凌云由于轻敌输了一招。夜枭子见状，竟然出手偷袭龙戬，并欲将他置之死地。
龙戬即将惨死在夜枭子爪下，关键时刻夜凌云及时喝止，并斥责夜枭子破坏公平的规则。这次轮到天羽出战，她选择了与夜枭子决斗。两人从乱石悬崖一直打到蝙蝠宫殿中，其实天羽的目的是为了推延时间，因为胖墩就快调度完成，到时候大家就可以召唤超兽了。但天羽还是惨败在夜枭子手下，关键时刻火麟飞出现救了天羽，就在这时胖墩的调度完成，火麟飞立即召唤超兽，但却不能自如活动。
夜枭子超兽发出绝技打向火麟飞，众人都以为火麟飞被打死了，但其实他是进入了元空间中，还遇见了玄易子，在玄易子的指点下，火麟飞凭借信念不仅冲出了元空间，还提升了体内的异能量。火麟飞信心十足的重返战场，将夜枭子打败。但卑鄙的夜枭子却以天羽作要挟，大败着火麟飞、龙戬、泰雷。
夜凌云实在看不过眼，竟然出手将夜枭子打飞出去，不仅救了火麟飞他们，还为他们疗伤。夜凌云并非倒戈，而是因为他始终坚守公平对决的规则。火麟飞他们都已恢复，这时夜凌云再一次劝火麟飞他们离开，但超兽战士们同样坚守着歼灭冥王的信念。最后的大战即将来临，夜凌云一声令下，蝙蝠超兽倾巢而出，列出巨能云蝠阵。
在夜凌云领军下的云蝠阵威力无比，将超兽神四合体打得节节败退，连胖墩也无计可施，眼见超兽战士就要死在夜凌云最后的一击下。但令夜凌云万万没有想到是，在这关键时刻，夜枭子既然集聚了整个云蝠军团的能量，将这股能量重重的击向夜凌云。夜凌云当场退出超兽状态，奄奄一息。原来夜枭子是为了抢回自己首领的位置才这样做的，因为在十万年前，夜凌云也是用武力从夜枭子身上抢得这个首领的位置。夜凌云大怒。
就在夜枭子要将超兽战士及夜凌云一起杀死了，胖墩用飞船的短距离转移救了他们，并利用自己的虫洞效应与夜枭子周旋，好让火麟飞等人及夜凌云疗伤。但胖墩也推延不了多久时间，眼见就要被夜枭子打死之际。已恢复好的火麟飞等人及夜凌云及时出现救了他。最后超兽战士连同夜凌云的云蝠盾将夜枭子及整个云蝠军团一起毁灭。
由于玄武号飞船能量耗尽，无法继续带众人前往冥界。冥王恢复能量形态，命狮王向夜凌云传令，为了执行冥王的命令，夜凌云答应带火麟飞等人前往冥界。于是夜凌云带他们来到第四平行宇宙的大殿，利用这里的异时空转移设备穿越到冥界，而玄武号飞船则就留在了第四宇宙。
火麟飞、龙戬、天羽和泰雷随着夜凌云来到了冥王的大殿前，但却不见了胖墩和Baboo，大家都以为他们被压力压死了，但其实他们是穿越到了第六平行宇宙，而这里是Baboo的故乡。由于冥界强大的引力导致火麟飞他们感觉身体极重而行动很不便，奇怪的是天羽却没事。火麟飞等人在冥界见到了狮王，火麟飞挑战狮王，但被狮王一只手完败，天羽挑战狮王，被狮王轻松一击打的大败，险些被杀，危急时刻冥王命狮王先带他们进来。
众人步入大殿，在这里既然感受不到那超强的引力。众人终于见到了冥王，此时他还没有完全恢复成肉身。冥王似乎知道一切，他问火麟飞为何要来消灭他。火麟飞说，因为他要统治所有的宇宙，七大平行宇宙都会因为冥王的复活陷入黑暗，所以他要来阻止他。于是双方展开了一番关于强弱的辩论。突然，龙戬意识到冥王似乎在拖延时间，于是提醒大家要抓紧时间进攻，因为此时冥王的能量还很弱，于是火麟飞等人与狮王展开决斗，先后被狮王连败，
原来，天羽是冥王的女儿。在十万年前玄易子在冥王被封印之际，救走了他的女儿，还传授她功夫。玄易子一直对天羽隐瞒身世，而天羽也一无所知。此刻他终于知道了自己的身世，火麟飞指责天羽立场不坚定，天羽陷入两难境地，一边是至亲一边是至理，火麟飞召唤出超兽要进行最后的决战。另一边，胖墩却在Baboo受到英雄般的对待，因为在十万年前，胖墩救过他们的族长。火麟飞他们在大殿内被狮王连败，几乎被害时，天羽将他们打出殿外
在宫殿外，火麟飞、龙戬、泰雷与天羽、狮王和夜凌云展开对决。火麟飞等人在提升了自身异能量摆脱了冥界压力后，大战狮王，但狮王的异能量大的惊人，火麟飞等人节节败退。另一边，胖墩在Baboo族人的帮助下获得了巨大的异能量，并穿越来到冥界。火麟飞等人被打的跪在地上，惨不忍睹，眼看火麟飞等人就要被杀之际，胖墩立刻将体内的巨大异能量传输给火麟飞等三人，使他们能突破了引力的干扰，召唤出3.5个黑洞的超兽神三合体。
由于狮王的强大火麟飞等人的超兽三合体仍然不是狮王的对手，狮王念及火麟飞的人情，没有继续出手，夜凌云也心存顾虑，天羽甘愿以死明志，夜凌云开启云蝠盾保护天羽。而冥王就快要恢复肉身，冥王一旦恢复肉身就意味着他真的复活了，后果将不堪设想。就在超兽战士异能量即将耗尽之际，胖墩拿起菜刀冲向冥主，眼看就要得手，但在最关键的时刻冥王复活了！冥王使出绝招将火麟飞等众人打入元冥黑洞中，天羽深爱火麟飞，无法舍弃他，最终
