美洛耶塔与海底的神殿！
小智一行人在竹兰的别墅进行特训。以态度表示「我也想要对战」的美洛耶塔，像水水獭下了挑战书！这时候，单方面认定小智他们是坏蛋的青年拉里与「泥偶神奇宝贝」泥偶巨人突然发动攻击！美洛耶塔立刻挺身保护小智，让大家能够解开误会。原来拉里与泥偶巨人是为了保护美洛耶塔，所以走遍各地寻找它。原本住在森林深处某个秘密地点的美洛耶塔，是因为躲避不明人士攻击，才会偶然遇见小智他们的。可是这时候，小智等人发现了可疑的监视机器！发现这个地方也有危险，众人为了保护美洛耶塔而急忙离开别墅，可是眼前竟然出现火箭队的老大?坂木…！ .
